Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_06937 LG1 100379686 100381672 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 39
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   mRNA binding, DNA-binding transcription factor activity
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 100379739 synonymous_variant p.Ser18Ser
A/G 100380316 missense_variant p.Thr211Ala
T/C 100380354 synonymous_variant p.Thr223Thr
A/C 100380580 upstream_gene_variant
C/A 100380661 upstream_gene_variant
C/T 100380699 upstream_gene_variant
T/G 100380718 upstream_gene_variant
G/A 100380762 upstream_gene_variant
C/T 100381008 upstream_gene_variant
T/G 100381061 upstream_gene_variant
G/C 100381109 upstream_gene_variant
C/G 100381112 upstream_gene_variant
T/A 100381249 upstream_gene_variant
T/A 100381285 upstream_gene_variant
T/C 100381443 synonymous_variant p.Arg268Arg

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_06937.1
MSFSDHIPSFMMSPPSFSTDTDAIEVRLQFPMNNEEEHSQQDQPPSFKRARIGDNNHSYPMACPPKMIQNPNFNKGTSHIFFKTRMCAKFRVGACRNGDNCNFAHGVEDMRQPPPNWQELVGLRNEERLPSGNWDDDQKIIQKMKLCKKYCNGDECPYGDKCSFLHEDPAKFRDDSGRYRESTAINIGTNGSPKAYGDPSNCLENNKVVNTGLNVSRSNVKSTYWKTKLCIKFETTGHCPFGDDCHFAHGQAELQFPGGRNEAETAGAVLVSNKATIPTLPRATPILSNDAPPSQRASVPPANEEEQGKKHLLKWKGPKKINRIYGDWLDDLPLGHNLPGRVGI*


CDS Sequence:
>Vu_06937.1
ATGAGTTTCTCTGACCACATTCCATCTTTTATGATGTCACCGCCGTCATTTTCGACAGACACAGATGCCATTGAAGTGAGGCTTCAATTTCCAATGAACAACGAGGAGGAACATTCACAACAGGATCAACCCCCTTCGTTCAAGAGGGCAAGAATTGGTGATAACAATCACTCCTATCCAATGGCATGCCCTCCAAAGATGATTCAGAACCCCAATTTTAATAAGGGAACCAGCCACATTTTCTTCAAGACTCGCATGTGTGCAAAATTCAGAGTTGGGGCTTGTAGGAACGGTGATAATTGCAACTTTGCACATGGAGTTGAGGACATGAGGCAGCCACCCCCGAACTGGCAAGAGCTTGTTGGATTGCGCAATGAGGAGAGGCTACCCTCCGGGAATTGGGATGATGACCAGAAAATTATACAGAAGATGAAGCTGTGCAAGAAGTATTGTAATGGGGACGAATGCCCCTATGGTGATAAGTGTAGTTTTCTTCATGAAGACCCTGCCAAGTTCAGGGATGATTCGGGGAGGTACAGAGAGAGCACAGCTATAAACATCGGAACTAATGGATCTCCCAAGGCATATGGTGATCCTTCAAATTGTTTAGAGAATAATAAGGTTGTCAACACTGGCTTAAATGTTTCCCGCTCGAATGTTAAGTCCACTTATTGGAAAACTAAACTGTGCATCAAATTTGAGACAACAGGGCACTGCCCCTTTGGGGATGACTGTCACTTTGCTCATGGGCAAGCAGAGCTACAATTTCCTGGTGGACGCAATGAGGCAGAAACTGCAGGTGCCGTTCTAGTTTCAAATAAAGCTACCATTCCAACCTTACCAAGAGCTACACCAATTCTTTCTAATGATGCTCCTCCAAGCCAGAGAGCAAGTGTGCCTCCTGCAAATGAAGAGGAGCAGGGCAAGAAGCATTTACTGAAGTGGAAGGGACCCAAGAAAATCAACCGAATTTATGGTGATTGGCTTGACGATTTACCACTAGGTCACAACTTGCCAGGTAGAGTTGGAATCTGA


Promoter Sequence:
>Vu_06937::LG1:100377686-100379686(+)
TTCATAATATATTTGAAGTTCAACAAAATTCCTCAAAACATAATTTTTCATAATGTATAATCAATTTGATTTTCATAAATATTGTACTAAGTAAAATTAAAACTATAATAATTAATCTATTAAAAAAAATTCTACATTAATCTAAAAAAAACTATATATTTCTTTTGTGCAAAAATATCTACGTTTTGTTTTATTTTATTATTTTAGTAAAAAGAATCGATTTTTTTTTATATATAATCAAAGTTAGTAAGAGAATTTATAAATGAAATATTGACGTTAAAGTTTATAATTAAAAACTAATTTTAATAATTCATAAAAAATATTTATTTTTATAATATTTAACAAAATTGTAATTAAAGTTTTAGATTTTTTTTCTAAATGTTTTCTCATAAAATTTGTAATTAAAATTATAAAAAATTTACTCACGTTTATTTTTTATTATAAATTTTTTTAATAAAAACATATTTCTTTGTGTTTAAAATATTTTTTTAATAAATTAATGCATTTTTTATATTTTTAAAAATATTTATTAAATTTTGATATATTAATTAAAATATCACGACTAAAAATATAATTATGTATTTATCATTTAACTTTATTTCTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAATATAATGTTATCTAAAATCTATCCTAAATAAAATTTTAAATATTTGTGAATATTTTTTTAAATGATATTTGATGAATTATTTTGTTATAGATGGGATAGTATGTTAACATTATTTCGATTTGACTGTTGTCATTCTTAATTGAAACCATTATAAAAAATTTCTTTTTGAAATTCTTTTCAACAATATACACCATGTTCATAATCAACTTATAATCCATCAAGCCTTACAAATTCACAATAAATATACATAAAACTTATGACAAAATACCTCAAATAATTAATATTAAAAAATCACAGAAAATATACACTAGGTTAAGAGTGACGCTTAACACACAATTTAAGATTAAAATTATTTCAAACCTACAGTAAAAAGTGACACTATAAGAAAATTGAAAATTATAATATCTTTGGATAAAAAATTTCTTACTTGATACATGTAAAACTTTTAATTTTATTAAAATTATTTTATTTTAAAAATAATAAATCATAATCAATACTATTTTTTAAATATAGATCAAAACAATATTTTGAGTTATAATATTTAAAAAATATATTATTATTTTTTTAAATATAACATAATTTTGTAAAGCAAGCATTCTTCTAAATCCTGTCACCAAAATTAGATGAAGCACATATTTCATTATTCTAGATAACTTAACAAGAAATAGCATTTTTTAGAAGTTTGTTTCAATTGAAAAAAAAAATAGTTGAAAACTCATCTCAATATTGCACTAATGTTAAATAAAAATTATATTTTGTTATAATTGTAATTAAAATAAATAATTTTTATTTTTGAAAGAATCATTTACATTTTATTTTAAGTTTAAACAAATATTTTGATTACAATTTGATATTATTTTTTTCTGATCTGTTTATATAATTTCATTTTGATTTGTTGTTTTTTTTTTAATCAGTCAATCAGGGTTAGATAGGCGGCTAGGGTTTTGACTTTCTTATGCTACCAAAAGGCTTAAACCTCCCATTTGCCTCTCCACATTCCCTTCCTTTCTCTTCTTCGCCCTCTTATTAAATACCGGTGATCAATCTCCTAAAAGATCAAACTTTCATCAACCCCCTAGTTTCTTTCCAACATTCTCATCTGGGTCTTCCCAATTTTTTGATTTCATCTTTCTCTCTCTCAGAAGCTGTCCACAGTCTAGACTCTTACCTTTTCTTTATTGTCTGTTCAGTATTGATCATTCGATTATTGAATATCAGTGTTTTAAATTTGATAAAGTTATTGATTCAGTTTATTTTGGGCTTGAAACACTACTGGTTCTCTAAGTCCATTAGCGAAGAATCAAATCAAGATAGAATCAAAATTTGATTGAATTTGATCAAAATTTCGCCA


Gene Sequence:
>Vu_06937(+)
ATGAGTTTCTCTGACCACATTCCATCTTTTATGATGTCACCGCCGTCATTTTCGACAGACACAGATGCCATTGAAGTGAGGCTTCAATTTCCAATGAACAACGAGGAGGAACATTCACAACAGGATCAACCCCCTTCGTTCAAGAGGGCAAGAATTGGTGATAACAATCACTCCTATCCAATGGCATGCCCTCCAAAGATGATTCAGAACCCCAATTTTAATAAGGGAACCAGCCACATTTTCTTCAAGACTCGCATGTGTGCAAAATTCAGAGTTGGGGCTTGTAGGAACGGTGATAATTGCAACTTTGCACATGGAGTTGAGGACATGAGGCAGCCACCCCCGAACTGGCAAGAGCTTGTTGGATTGCGCAATGAGGAGAGGCTACCCTCCGGGAATTGGGATGATGACCAGAAAATTATACAGAAGATGAAGCTGTGCAAGAAGTATTGTAATGGGGACGAATGCCCCTATGGTGATAAGTGTAGTTTTCTTCATGAAGACCCTGCCAAGTTCAGGGATGATTCGGGGAGGTACAGAGAGAGCACAGCTATAAACATCGGAACTAATGGATCTCCCAAGGCATATGGTGATCCTTCAAATTGTTTAGAGAATAATAAGGTTGTCAACACTGGCTTAAATGTTTCCCGCTCGAATGTTAAGTCCACTTATTGGAAAACTAAACTGTGCATCAAATTTGAGACAACAGGGCACTGCCCCTTTGGGGATGACTGTCACTTTGCTCATGGGCAAGCAGGTACTTCGAATTTCTCTTTTTGATTGATTGATTGTTGGTCTTGGTTCTACATTGTTTCATTTGTTCTGTTAGATCATTTTGAAATCAGTTATTGATTTAGACCAGATTTGGTTAAAATTTTCCTTAATCACTTGTAGAAGAAAAGAGTAAGTCGAATTTCTAATTTGTGCAGTTTGTCTTCTATGAATATTGTAGAAAAAAACTATATAAACATAGCTCCTTCTAGGTTATGTCTGGAACTAGAAGATCTATTATGCTGTTGTACTTGTTCATGATCTAATCTCCAAAGAGATTGCTTCCTAAACAAACAAGATACAAAGAGCGTGCTTGATTGAGTGTCATTTGGTCTTTGTGTATGAGCATTGAGTATTTCTTGGTGCAACAAATGTTGCTTCTGTTCAAAAGTAATTAAACACTTCTATAGTGTTTAATTAAAATCTTTGTTCACATGTCACATATGCATGGAAATATACATTTTACTATAAACCCTCGTTAGGAATTTTCTGTGATAGAAATGTCCTAGATTTTCTCTATAATTAAGTAGTTGACCATCTATTTTGTAATGCATTAAAATTAAAATACAAAGAGTGCACTTGACTGAAGTTTATAGTAGTTTGGTTTGGCATACTTTGTGAAAAAAAAAAATCTCAGAGTGTTAACAATAATGCCCATGCTGAAGAATTAAACATGGTGTCATGGCCCACTTGATTATTTATTTCTTTCAAATATATCACAAGATCAGGATATTGCTTCTGCATAATTCCGAACGATCAATTTGCCAGCATCACTTGATTTCTGCTAATGGCTCAGATATTTGATGCCTGGCTCATAAAAAATTTAGATGTACTTTCACTAGGATGTGATATTAACTTTATGTTCTTATTGTGAGCAAAATGTACGTACACTCTAGAAGTACCATGATTTCCTTAGTGTTTTTTTGTTGCAAACCCAGAGCTACAATTTCCTGGTGGACGCAATGAGGCAGAAACTGCAGGTGCCGTTCTAGTTTCAAATAAAGCTACCATTCCAACCTTACCAAGAGCTACACCAATTCTTTCTAATGATGCTCCTCCAAGCCAGAGAGCAAGTGTGCCTCCTGCAAATGAAGAGGAGCAGGGCAAGAAGCATTTACTGAAGTGGAAGGGACCCAAGAAAATCAACCGAATTTATGGTGATTGGCTTGACGATTTACCACTAGGTCACAACTTGCCAGGTAGAGTTGGAATCTGA