Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_06554 LG1 96382174 96386541 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 43-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   plant organ morphogenesis, xylem and phloem pattern formation, tissue development, response to wounding, negative regulation of metabolic process, plant organ morphogenesis
Cellular Component   located in   nucleus
Molecular Function   enables   mRNA binding, mRNA binding
SNP Position Effect Amino acid change
C/G 96382184 3_prime_UTR_variant
A/T 96382227 3_prime_UTR_variant
T/C 96382300 3_prime_UTR_variant
T/C 96382506 synonymous_variant p.Ser455Ser
G/T 96382553 missense_variant p.Pro440Thr
G/T 96383081 missense_variant p.Pro338His
A/T 96383307 intron_variant
C/A 96383394 intron_variant
T/C 96383395 intron_variant
A/C 96383399 intron_variant
T/A 96383407 intron_variant
C/T 96383413 intron_variant
T/A 96383576 intron_variant
G/A 96383741 intron_variant
G/T 96384047 missense_variant p.Pro268Thr
G/T 96384119 missense_variant p.Arg244Ser
G/A 96384130 missense_variant p.Pro240Leu
T/C 96384362 synonymous_variant p.Lys202Lys
C/G 96384413 intron_variant
A/T 96384670 intron_variant
C/T 96385317 intron_variant
C/T 96385785 intron_variant
A/G 96385791 intron_variant
T/A 96386147 missense_variant p.Asp60Val
G/T 96386407 5_prime_UTR_variant
G/A 96386423 5_prime_UTR_variant
G/A 96386429 5_prime_UTR_variant
C/G 96386482 5_prime_UTR_variant
A/T 96386499 5_prime_UTR_variant
G/A 96386513 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_06554.1
MEGSESDSAPLSISNGEDPQLGASSPPPSPPPQSSDLNHAAEHEILSGELQSKLDLKAEDESEGKVSDLNDGGGVCDEETAKGDGDSRGSDSNSWNEEVGVGADEDGVGIGDVHGDDGEEMKEERNSDVTHHYPLRPEAEDCAFYMKTGNCKFGFNCKFNHPIRRKTQAVREKAGEREEPTDRSSSTECKYYQRSGGCKFGKSCKYNHTRGKISTTPALVPVFELNFLGLPIRQGERECPYYMRTGSCKFGANCKFNHPDPTVGGCDPPSGFGNGGPISLQGVSRPSVPSWSSPRSLNEASPFVPMMLSPTQGVSTQSSDWNGYQASVYLPERNMHPPSTFVLNNPAVDTNVYLHHQKQMSVEEFPERPGEPECSYFLKTGDCKFKSNCKFHHPKNRIARLPPCNLSDKGLPLRPDQSVCSHYSRYGICKFGPACKFDHPINLQPLMMSGLGDQSYSNSASVEVAGIGESTAETDVTIQQSV*


CDS Sequence:
>Vu_06554.1
ATGGAAGGCTCTGAATCCGATTCTGCGCCACTTTCCATTTCCAATGGCGAAGATCCCCAATTGGGGGCTTCTTCTCCCCCTCCTTCTCCTCCTCCTCAATCTTCAGATCTCAATCACGCCGCCGAGCATGAGATACTCTCTGGGGAGCTTCAGAGCAAGTTGGATTTGAAGGCTGAGGATGAAAGTGAGGGCAAAGTTTCCGACTTGAACGACGGTGGAGGAGTTTGCGACGAAGAAACTGCTAAGGGTGATGGAGATAGTAGGGGTTCGGACTCAAATAGTTGGAATGAGGAAGTGGGTGTTGGTGCTGATGAAGATGGTGTTGGTATTGGTGATGTTCATGGTGATGATGGAGAGGAGATGAAGGAAGAGAGAAACAGTGATGTTACTCACCACTACCCTTTGAGGCCTGAAGCTGAGGATTGTGCATTTTATATGAAAACTGGGAATTGCAAGTTTGGGTTTAACTGCAAGTTTAATCACCCTATTAGAAGGAAAACCCAGGCTGTTAGAGAGAAGGCGGGAGAAAGAGAAGAACCCACAGACAGATCAAGCTCAACAGAATGCAAGTATTATCAAAGATCTGGGGGTTGTAAGTTTGGAAAATCTTGTAAATATAACCACACAAGAGGAAAAATTTCAACAACACCAGCACTGGTACCAGTTTTTGAACTTAACTTTCTTGGCCTGCCTATTCGTCAGGGGGAGAGGGAGTGCCCCTACTACATGCGCACTGGCTCTTGTAAATTTGGAGCAAACTGCAAGTTCAACCATCCTGACCCTACAGTTGGAGGATGTGATCCTCCTTCAGGGTTTGGTAATGGAGGACCTATTTCATTACAAGGTGTATCACGACCATCTGTACCCTCCTGGTCTTCTCCAAGATCATTAAACGAAGCATCTCCTTTTGTGCCAATGATGCTTTCACCTACTCAAGGAGTTTCTACCCAAAGTTCTGACTGGAATGGATACCAGGCATCTGTCTACCTACCTGAGAGGAACATGCATCCACCTTCTACATTTGTCTTGAACAACCCAGCAGTCGATACAAATGTTTACTTGCACCATCAGAAGCAGATGTCCGTGGAAGAGTTTCCAGAAAGGCCTGGTGAACCTGAATGCAGCTACTTCTTAAAAACTGGGGATTGCAAGTTCAAATCTAATTGTAAATTTCACCATCCAAAGAATCGGATTGCAAGATTACCTCCATGCAACCTCAGTGACAAGGGTCTTCCTTTGAGACCTGACCAAAGTGTCTGCTCCCATTACAGTCGCTATGGAATTTGCAAATTTGGACCAGCTTGTAAGTTTGACCACCCTATAAACTTGCAGCCCTTGATGATGTCTGGACTTGGGGACCAGTCATACTCAAATTCAGCTAGTGTGGAGGTGGCTGGGATAGGTGAAAGTACAGCTGAAACTGATGTAACAATTCAGCAATCTGTGTAA


Promoter Sequence:
>Vu_06554::LG1:96386541-96388541(-)
GAAGAATAATTTTGAAAACTATTAATTGTTTATATTTTTATATGGGTGTCAGGAAATATTGAAAGTTAATGAAAAGTAATATTTTGTTTTATCATTCTGACAGTTACACGTATCAAAATAGAAAAATGTTGATTTTTTTTAAGTATTCATTTTTCAGTCACTTTTTATCAAGTCAGGAATTTACTACGATAATTGTAGTATATAAATTTGAGATACCATATTTTCTTTAACTTTCTTTGAACTTATATAATAATTTTCTTATGTATTACATAACAATCACAACTTATTTATTTACTAAAATTGAATCTAATTAATAAAAATACAAAAGTTTTGGGATATTTAAATTGGTCTGTTAGATATGTAAAATAGTTATTCTTAGGGACACCATTTACTAATATTTAACACATTACATGTCATATTCAATACCAAAAAGTCAGCCAACTTCATTAGAATTTAGAACAATTCACATCAATTTATTTAATATTAAGGGTATTGCATAAAATTATTTTCAATATGTGTCAAACTTAGAGGTTAGAAGGGAAGTAGTCAATGTTCCTATTAAGAGTATTGGTAAACCAAAGAGCTTCTTTAATGCAAAGAAGCATATGTAGGTGGTATACTAATCACATTGTATATATATTTTGTCAATTCAATTCATATCAATAAATAAAAAAATGTCACTAACTTAATGGTTAGCATTCAAATAATATGAATTAACTAAAATACTTCATTCAATAAAATATAATTTTGATTAAATTTTTAAAATAGTTTTTTAATTTTTTTTATATATTTTTGATAGATTAAACTCTGGATTCGTGTTTTCTGACCCTTTAAGATTTGGTTTGAGCTATATTTAAATTCTTTTGAAATCTATTGGTTTATATTCTTTTAATTTTTTTTTAATTAATTATATATTAATAATAAAATTTATTTGCAATATATTGTTTAATATGATATGATAGTATGTTTATATTAATATTATTTACTTTTAAATAAGCATATGTTATAAAATAAATTTTAATTTTAATTTTATATCTTAATTAAAGATGATAGGTAAATTAAATTAAGGGTGGAAGCACACCAATCAAATCAAACACTCCCAATTCATTGTTTTGCTTCTTCAGACGTCATTCAGAAATCACACAAATGCAGTTTTAAATGGACATGAAATTACTATGAACTGTTCCCCCAAACTGAAAATCATAAGTATTTTGTTTTAAAAAAAATAGAATTGACATGCCCAAATAACCACTCAACCACTGAGATGATCTCACCTACAACCAAAATAATAATCATTAATATTATTGTTTTGAAAAATATCATATAATATCATATAATTTAATAATGAAATGCTTGACTTTATAATACAAAGAAATGAAGTGTGCAAAAAAAATAATAAAAAAAATAAAACTGAGTTGGATGTTACTTCTGTTGAAGCCACTATGAATTTAGACCATAAATCCACCTATGTATTTTCTTTATTTACAATTGTCAAATACTTTCCATTGTTCTGGATGTAAAACTGACACATTTTATTTTAACTTGACCCAAAAGAAAATATTGATGTAATAATATTACATCATACATTCTCACATTTTCCATTGGTAAAAATACAAAATCCACCCTATTATTAATGAACAAAATAAACGTTATAATTTATTTTATTTTTTTCTTCAATTTTTCTCATTTTTCATTATCCTGATTCGCAAACTAGGACTTAAACTAAAACAAACACTTGTTTTTGTTCTAAACTATCTTATTTCAATATTTATATAAACATTATCCATGTTTGAATATTGTAGAAAGAAAAAGAAAAGATGGTAAAATAATTTTACTAAAAAAATCAACCAAATTCTCAAATGATATATTAATCAAAATCAAAACATGTAAATAGTTGATAATTATAAGGTGATGAGAATCTAAATAAAAGTAGGTTTTATTAACAAGAAGTAAAATAAAACATAGGGCAATATGGTTTCAGAAACAGTACAGAGCACATA


Gene Sequence:
>Vu_06554(-)
AAGATTACAAAGTAGGACACTTTTTTTTCTCTCTTTTTATGTTCACACTCAGTCCTTCAGTTACACTGCTTCTGGTTTTTGATTCCCCTCATATAAAAACGCAACCTTTTTCCTTCTCCTTTCTCTTCTCTTCTCTCTTTGCGACTTATTCCCTTTCTTTTCTTCTTTTCAACAAAAACCACCTTCTGTTATTAGGGTTTGAAATGTGGAGGGAGAATGGAAGGCTCTGAATCCGATTCTGCGCCACTTTCCATTTCCAATGGCGAAGATCCCCAATTGGGGGCTTCTTCTCCCCCTCCTTCTCCTCCTCCTCAATCTTCAGATCTCAATCACGCCGCCGAGCATGAGATACTCTCTGGGGAGCTTCAGAGCAAGTTGGATTTGAAGGCTGAGGATGAAAGTGAGGGCAAAGTTTCCGACTTGAACGACGGTGGAGGAGTTTGCGACGAAGAAACTGCTAAGGGTGATGGAGATAGTAGGGGTTCGGACTCAAATAGTTGGAATGAGGAAGTGGGTGTTGGTGCTGATGAAGATGGTGTTGGTATTGGTGATGTTCATGGTGATGATGGAGAGGAGATGAAGGAAGAGAGAAACAGTGATGTTACTCACCACTACCCTTTGAGGCCTGAAGCTGAGGATTGTGCATTTTATATGAAAACTGGGAATTGCAAGTTTGGGTTTAACTGCAAGTTTAATCACCCTATTAGAAGGAAAACCCAGGTACTTCTTGTGCCTTTCTTCTTCTATGTATTCCTTGTTTAGATGTTATGTTTGTTAGTGATGCTTTTTGTTTTTATATGATTGGTTTGTTTGCATTGATATCTAGTAGTGATCAATATTGCATTGTTGGAGGTTAAGCTTTAGAACAATTCACTTGTGTAAATGGTTATCTTTTCTCCGAGGTTTCCTTTACGGTGACATTGTATTATTTGTGGTGCTGGATTGAGAACAAGAGTAGTTTGCCTTTGCTGAAGGCATACTTTTGATTGGCGTGACTGGTAAATGGTCAGAACTGTTACATCGTGGCTGGTAGGTACTTGATATTGAACTGTAATTTTGGGGGGCAGTGCTATTTTTGGTAGTTTGCTTTTATGATTTTGTAATGTGTCTGTTTTGGTCGGTCTTTTTACTCTATAGCTTTGCAAAATGACTTATTAAGGCTTCAAAATTTGCCTATTTTTGTGAGGTCTCCTTTATGACCTCTTCAGACTTAATAAGGTGTTGGTGATTGAGTATATCAATATCAATGTGGTTCTCTTCACCATTTTATGCCTGGAGACTTATTATACAATGTTCACTTCTTAAAATGCTGTTCTTTGTGTGGATGTTTTAACGATCAACAAAGGCTGTTAGAGAGAAGGCGGGAGAAAGAGAAGAACCCACAGACAGATCAAGCTCAACAGAATGCAAGGTTATTCTCACAATTATGCTTCTAAGCAAATTTTAATTCTCACGTCTGTCATTTCAGCATATTATCATTTTGGCTTTAATGTTCATATTGTAACTATTTAAATACAAGTTCCTCCAGCTATTTGAATTGCCATGGAAGATTGTTTGTTAGTCACTGTAAGGTCAAATCAAGGTGATTCAACCTAATTTATAATTTATATTTTTCATTTCCTTCCGCGACTTTGAGATCATTGATCATTTATATGCTATATGTTCAATTTTGGGTGATATCATATTCTGTCATTTCTGGACTTGTGGGATGTCAGTTCGGTAATATAAATAGATTGTATTCTAAATTAGATTTTTTTTTGGAATAAATATTTGGTCACTTGTTTTTGGATTGTGATGGTGTATGCTATCTTAATAGTTTACATTAGACATGGATAGGGAAAACGGTGAAATATCTGTCAGGATGGATGGTTTGGTTTATTTTGTGGCATTTTTGTTGATTAGCTCTTTCTGGTTTGCTTTATTTTACCCTGACAATGACATTGATTCTATTTAAATGAATGGATAAAAAATTATAAGTAAATGATATCAATTGTTAGGTTGAAAAAATTATTGGAACTTCAAAGGCAACTGATGGGAAAAAGCAAGTTTGTATATGATTTTTCTCTTGCTCAAACCATGTAAAATCAACAAATTTCACCATTCATGACATGTTCATAACAATTTTTTTGCTGATCTAATGGCAGTATTATCAAAGATCTGGGGGTTGTAAGTTTGGAAAATCTTGTAAATATAACCACACAAGAGGAAAAATTTCAACAACACCAGCACTGGTACCAGTTTTTGAACTTAACTTTCTTGGCCTGCCTATTCGTCAGGTAAAATTTTAGTTACTTTCCTATAACAAAAGATATATATGTGTGTGATGTTCGCTTCTTTCTGCAGTATTCTAAAATAGTTGTTTCTTAGATATTAATAAGGTCATGTTTCATGATAGGGGGAGAGGGAGTGCCCCTACTACATGCGCACTGGCTCTTGTAAATTTGGAGCAAACTGCAAGTTCAACCATCCTGACCCTACAGTTGGAGGATGTGATCCTCCTTCAGGGTTTGGTAATGGAGGACCTATTTCATTACAAGGTGTATCACGACCATCTGTACCCTCCTGGTCTTCTCCAAGATCATTAAACGAAGCATCTCCTTTTGTGCCAATGATGCTTTCACCTACTCAAGGAGTTTCTACCCAAAGTTCTGACTGGAATGGATACCAGGTAAATAGATAGATTCAATACCAATAAGCATCTGGCAAGGTGCAATCTATTATATAATTAGTATTGGAGTAGTGCAATGTTAATTCTCTGTTGCTGCAGATACTTTGGCATTGTTGCGTTCACTTTTTTTTCCCTTTTTGCAAATTGATATTGTCCTGTCATTGGTTTCCTTATGTTTTTTAAATAACTTCGTAAATTGTGTGATAATGTCATTGTCACCTGTTGACTATTGCAGACTTATCATTAATTTACATGTTTTGTTATAAGCACACTGAATACTGTAATAAAATAAATATTAAGCCATTTGAGGTTTGAGTGATATATACCCAAATCAATTAGTACAAAAACAGTTCTTGTGATTTAGAATGTGCAGTTTTGTTGATCTGGTGTGTGATCTATTTTGCCACTAGCAAATATATTGAAGAATCATGCATATTAAGCAATGTATGTTTGGCTTTATGCCTAAAAGTGAATTTGAAGTTGCACCTATTACCGATCCTTAAGAATCAAAATATGATTATGGCATCTAATCTTTAGATTTGTTGTAATCATTCTACAGCCCCATTTCCCTTCCTCCCTAGTGTCTCTTATTATTTTTTTGTTGCCTTGATTTTTATGGGGAAGCATCTTACTCTTTGGTATGCGATGCAAGACCTGAGTGGTCTTGTTCACCCTAGTTAACGAACTATTCTGTCTGCTGAACTCATGCAAAAGGTTGTTTTCCGATTAAATTGACCCATTTGTGGTTTTTAAAGGCATCTGTCTACCTACCTGAGAGGAACATGCATCCACCTTCTACATTTGTCTTGAACAACCCAGCAGTCGATACAAATGTTTACTTGCACCATCAGAAGCAGATGTCCGTGGAAGAGTTTCCAGAAAGGCCTGGTGAACCTGAATGCAGCTACTTCTTAAAAACTGGGGATTGCAAGTTCAAATCTAATTGTAAATTTCACCATCCAAAGAATCGGATTGCAAGATTACCTCCATGCAACCTCAGTGACAAGGGTCTTCCTTTGAGACCTGTAAGTTTTTATATCTATAAAGCTGGAAAAATTGTTTTCTTTTGTTTATCATGTGGTTGTGGTAATCTAAAATATTTGGAATAAGCATGGCATTGTTAAAACGAGATGATTGTTTCTGATTCTGAAAAGATATTTCTTTTAATTTGTTTAGTCAAATGGGACTACAAGCTTGATTGACTAGTGTCTGTTATTTAATGTCAATTTTATTTGTGATGAAATCCAGGACCAAAGTGTCTGCTCCCATTACAGTCGCTATGGAATTTGCAAATTTGGACCAGCTTGTAAGTTTGACCACCCTATAAACTTGCAGCCCTTGATGATGTCTGGACTTGGGGACCAGTCATACTCAAATTCAGCTAGTGTGGAGGTGGCTGGGATAGGTGAAAGTACAGCTGAAACTGATGTAACAATTCAGCAATCTGTGTAAACATGTCTTTGAGAATCTTCTAGCTATCACCAAATCTGTAGTTTTCTTCTTAAACATGATAAATTTATTTAACCTTTTTTCTAGCACTGTCCAATGCAGCACAAGCATTGCAAAGAATAGCAACATATATATGTCAAACAGTTTATATGTATTTATCACAAGTAACATTTGCATGTGTAGATTTTCTTATATTCTTCGTTTGTTTCTCTCTGTTGGATAAGTGTTGGATTATAATTAGTGTGGTTTGA