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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_06537 LG1 96248687 96254832 hypothetical protein
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09181 Protein families: metabolism   C 01001 Protein kinases [BR:ko01001]
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 96248735 3_prime_UTR_variant
C/A 96248755 3_prime_UTR_variant
A/G 96248791 3_prime_UTR_variant
T/G 96248794 3_prime_UTR_variant
A/C 96248795 3_prime_UTR_variant
C/T 96248908 3_prime_UTR_variant
G/T 96248912 3_prime_UTR_variant
A/G 96248931 3_prime_UTR_variant
A/T 96248989 3_prime_UTR_variant
T/C 96249135 3_prime_UTR_variant
G/C 96249145 3_prime_UTR_variant
A/G 96249219 3_prime_UTR_variant
T/A 96249252 3_prime_UTR_variant
A/G 96249259 3_prime_UTR_variant
C/G 96249266 3_prime_UTR_variant
A/G 96249320 3_prime_UTR_variant
C/G 96249395 3_prime_UTR_variant
G/C 96249408 3_prime_UTR_variant
C/A 96249500 3_prime_UTR_variant
G/A 96249519 3_prime_UTR_variant
T/C 96249654 3_prime_UTR_variant
A/C 96249664 3_prime_UTR_variant
C/T 96249762 3_prime_UTR_variant
A/G 96249763 3_prime_UTR_variant
A/T 96249992 3_prime_UTR_variant
T/C 96250039 3_prime_UTR_variant
T/A 96250046 3_prime_UTR_variant
A/T 96250091 3_prime_UTR_variant
A/C 96250117 3_prime_UTR_variant
C/A 96250405 3_prime_UTR_variant
A/G 96250476 3_prime_UTR_variant
A/T 96250527 3_prime_UTR_variant
A/G 96250564 3_prime_UTR_variant
T/G 96250620 3_prime_UTR_variant
A/G 96250734 3_prime_UTR_variant
T/A 96250766 3_prime_UTR_variant
A/G 96251029 3_prime_UTR_variant
A/C 96251193 3_prime_UTR_variant
T/C 96251410 3_prime_UTR_variant
T/A 96251478 3_prime_UTR_variant
T/G 96251498 3_prime_UTR_variant
A/G 96251503 3_prime_UTR_variant
G/A 96252070 3_prime_UTR_variant
G/T 96252161 3_prime_UTR_variant
T/A 96252316 3_prime_UTR_variant
A/T 96252635 synonymous_variant p.Ala502Ala
G/A 96252843 synonymous_variant p.Phe469Phe
C/G 96252885 synonymous_variant p.Val455Val
G/A 96253171 missense_variant p.His403Tyr
T/C 96253256 synonymous_variant p.Val374Val
T/A 96253332 missense_variant p.Tyr349Phe
A/G 96253670 synonymous_variant p.Ser236Ser
A/G 96253705 missense_variant p.Tyr225His
G/C 96253838 missense_variant p.Ser180Arg
C/G 96253977 missense_variant p.Arg134Pro
C/T 96254071 missense_variant p.Asp103Asn
T/G 96254095 missense_variant p.Ile95Leu
C/A 96254097 missense_variant p.Arg94Ile
C/T 96254297 synonymous_variant p.Lys27Lys
T/A 96254524 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_06537.3
MEESLRDSRSYRQDVEEEKDVQEWTIRKSRWATDDGPSPMAADDKFNHVKGSSSPEIGEFHRGGSSESTVTRSSGSTGRDQYLGLSTDDADSERDFYIDPVVDVEGPSDVGDCPSDSEESDGLMQVQRNINMLHSCRSVCEFEMIKKINEGTYGVVYKARDKKTGELVALKKVKMNIERDGFPMSSLREINILLSFNHPSIVNVKEVVVDDFDGTFMVMEYMEYDLKGMMEVKKQPFSISEIKSLVKQLLEGVKYLHDNWVIHRDLKSSNILLNHDGELKICDFGLSRQYGSPLKPYTPVVVTLWYRAPELLLGAKEYSTAIDMWSVGCIMAELISKQPLFRGKSELEQLDQIFRTLGTPDEKIWPGLSKLPGAKAKFVKQPFNMLRKKFPAASFTGLPVLSELGFDLLKKLLTYNPEERITAEDALLHDWFYEAPPPKSDFKPIFPSWRC*

>Vu_06537.4
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>Vu_06537.2
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>Vu_06537.1
MEESLRDSRSYRQDVEEEKDVQEWTIRKSRWATDDGPSPMAADDKFNHVKGSSSPEIGEFHRGGSSESTVTRSSGSTGRDQYLGLSTDDADSERDFYIDPVVDVEGPSDVGDCPSDSEESDGLMQVQRNINMLHSCRSVCEFEMIKKINEGTYGVVYKARDKKTGELVALKKVKMNIERDGFPMSSLREINILLSFNHPSIVNVKEVVVDDFDGTFMVMEYMEYDLKGMMEVKKQPFSISEIKSLVKQLLEGVKYLHDNWVIHRDLKSSNILLNHDGELKICDFGLSRQYGSPLKPYTPVVVTLWYRAPELLLGAKEYSTAIDMWSVGCIMAELISKQPLFRGKSELEQLDQIFRTLGTPDEKIWPGLSKLPGAKAKFVKQPFNMLRKKFPAASFTGLPVLSELGFDLLKKLLTYNPEERITAEDALLHDWFYEAPPPKSDFKPIFPSWRC*

>Vu_06537.5
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CDS Sequence:
>Vu_06537.3
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>Vu_06537.4
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>Vu_06537.2
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>Vu_06537.1
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>Vu_06537.5
ATGGCGGCAGGGCGAAAAAGTGTTCCGCTCAAAGGGGAATTTTTCAAATACAGCTCAACAAAGAGGTCCGATCACTATAAGAATGGCTCTTTCGGCGTGGAAGAGGGTGGATCTCGCAGCCATCACTTTGCTCGTTCCCATGAGCCTCGTGGTGGGAAAGAGGAGAGAGAGCAAGGTGAGATCTGTGTTGAAGATGAGGAATATGAGGTTGCTTTGCCACCGCCACAGAAGAAAAGGAAGTTTTCTCCAATCGTATGGGACCTAGCAGAGAAGGAAGAAAGAATTTCGTCTGAGAGTAAGATCTCGGATACTGTTGCTCTGTCTCCTCCTCGTCCATCTGTACTGAGCACTCCTGGAGCCAACAATCCTGGTTCAGATGTCCTTATGGAGGAATCTTTGCGGGATTCTCGAAGCTATAGACAGGATGTGGAGGAAGAGAAGGATGTGCAAGAATGGACTATCAGAAAGTCAAGATGGGCTACTGATGATGGTCCCTCACCCATGGCTGCTGATGATAAATTCAATCATGTCAAAGGCAGCTCCAGTCCTGAAATTGGTGAATTCCATCGCGGTGGATCTTCAGAAAGCACCGTCACTAGATCGTCAGGAAGCACGGGGAGAGATCAATATCTTGGACTTTCTACTGATGACGCCGATTCTGAAAGGGATTTCTATATAGACCCCGTGGTCGATGTTGAGGGACCAAGTGACGTTGGTGATTGTCCATCGGATTCTGAAGAGAGTGATGGATTGATGCAAGTGCAGAGAAATATAAATATGCTTCACAGTTGCAGAAGTGTGTGCGAGTTTGAGATGATTAAGAAAATAAATGAAGGAACTTATGGTGTTGTCTATAAAGCTAGGGATAAGAAAACTGGAGAATTAGTCGCGTTGAAGAAGGTGAAGATGAATATAGAGAGGGATGGCTTTCCGATGTCATCCTTGAGGGAAATAAACATTCTCTTGTCTTTTAACCATCCCTCCATTGTGAATGTTAAAGAAGTAGTTGTAGATGATTTTGACGGTACTTTTATGGTAATGGAATACATGGAGTATGACCTCAAGGGAATGATGGAGGTTAAGAAACAGCCTTTTAGCATTAGCGAAATTAAATCCTTGGTAAAGCAACTTCTTGAAGGTGTCAAGTATCTTCATGATAACTGGGTTATCCATAGGGACTTGAAGTCATCAAACATTCTGCTGAACCATGACGGGGAGCTTAAAATATGCGATTTTGGGTTGTCGAGGCAGTATGGAAGCCCTCTGAAGCCATATACTCCTGTTGTGGTTACACTGTGGTACAGGGCACCTGAACTTTTGTTGGGTGCTAAAGAATATTCAACAGCAATTGACATGTGGTCAGTGGGTTGCATAATGGCTGAATTAATTTCCAAGCAGCCTCTGTTCAGGGGTAAAAGTGAACTTGAACAACTTGATCAGATTTTTCGAACCCTGGGTACACCTGATGAGAAAATTTGGCCTGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAAATTTGTCAAGCAACCGTTTAATATGTTAAGGAAGAAGTTTCCAGCTGCATCATTTACCGGTTTGCCAGTTTTATCGGAGCTGGGATTTGACTTGTTGAAGAAGCTTTTAACTTATAATCCCGAAGAGGTATATATTTTTCATTGA


Promoter Sequence:
>Vu_06537::LG1:96254832-96256832(-)
GATAAGATTGAATGGAAGAGGCCATTAGAAGGGGACGATCGAAGCCATCCCGACCCCAGTAGTCAACATCTCTAAACTACACTTTAGATCAAGATTATTGGTAAGCGTTATTTAGTAGGTAATGAGTCTTGATTGGACAATGATTAGGGTTTCACTAATCTCAGACTCATCTTGAAACCTATAAACAGTGGTCAAAGGTAACAAGGTAGGTGATTGTATTACTACAAATTTAAGAATTTGTTGTGACCTCGATCGAATTAATTACTGACTTGAGCGTTGAAGTGCCTTTTTTTGATAGGTACTTCGAACCGTTTGGAGTGAAAGAACGAAGGATTTTGAGGACATTCAGAGTTACCTAAGCTTACTTGGAGAAAGTGTAGAAGATCCTCGACCTTACATCTAAAACCTTTTGGCGTCCACTGTGGGACCCGAGTGATCTAGAAGAAGACCTAATGGTGACCACGAGAAACATGAGCTCATAGAACCCGATAGAAATGATCAGAGTTCTACAACAATTTGAAGATGCAACAACAGAATGAGGGAGAGTTGGCCGCCCAGAGAGCGGAAAATGCGGCAAGGGCTGCGCAGGAGAATAATACTACATCCTTCCTAACACCTTTCTCAAATTCTCTTAGCATTACACATCATTTTTGTAAGAGTTAAATATGTTTGTAGTCTTTTAACATCAAACAAAGTTTTAGGTTATATTTGAGCCATTTACTTCGTTCTACATATTTAAACTTAAATATTAGTTTTGAACATTATTTAATATGTAAAAAATATTAGCATCATTGAGTTAGAAAGATAATATCCATTTATTTTTAAACTATGACAGCTAAAATGCATTAAGAACAAATTTAAATTTTACATCCAAGTTTAAGAAACTATAAACACATTTAACTTTTTTCTTTTAATTATACACATAATTATTTTCTTCATTATTCATTCACATGCCAAAGTTGTCTTAGCATTTTTCAAAACTTTTCCATTCCCAAAGTCCTTCAAGCATATCAAACATGAAGATTTAACTTATTTCTCACTCAATCAACAATTAAATCAAATAAAAGTTAAGAATCACCTAATACCAAAGATTTTCATTTTAAAATAATTCAAACAAGATCAACACTCTATTAGTTGTACTTCAACCAAATATACACAGTAATAAACTTATCAAAATCAAATAGAAATGAACATCATCACATGGTGTGTAATGTGGAGTTTAATTATATTTCAAATTGTTCGGTATTTCTTTATTTGATCTTTACATATTGAAAGATATGAAATTTTATAATTAATGCAAGATAATGTTATAATTTATATAAAATGATAAGTACATTAAAATAATAAAATAAGATAATGAATCAAAATAACAGTTATGTTATTATATATACAAATTATGTATAAATTTTTTTTAATGAAAATTCAATTATAAAAGCATATGCTTACAAAAGACTTTGAAGTTAATTAAGTTTATTCTCTACATATAATTAATACTTTTACAATATTTATACAACTCCTTTTCATTTTTAGTTTGTTATTTTTATTATCTTTAATTCGTATATAGATTTTTAAATATTTTGATTAAACTGAAAATAAAATAAATCTTAGAAATGGAAATTCACATAATAAAATCTGATTGGTTTAAATCTAAAATATTATTGTGTTAAAAATCTAAAAAGATAACTTATGTAATAAATCCTATAAATGAAATCTAAAATATTATAACCCATATTTTAAATTGAGATAAGTTTATATTCATCATCAAAATTTCAAATAATTTAACTGTAATTAGAATAAAGAAAATAAATATTGTACTACTAAATCCTTGGAGATAAATTAAAATTGAACAATATCATCAATTAGTTTAATTGATAGTGAGAAGAAAACGGTAAAACGCGTGAAAATCCAGCGAATAATTGATAGAATCGCCGCCTCTTTTGAAAGGGGAGACACACTCTATCGTTTTTTATTATTTAAGTGGGTAAAGCCCAAAGGAATCT


Gene Sequence:
>Vu_06537(-)
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