Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_04964 LG1 72335982 72338041 PREDICTED: nuclear transcription factor Y subunit A-3-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09151 Immune system   C 04612 Antigen processing and presentation [PATH:ko04612]
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 72336047 missense_variant p.Thr243Ala
G/T 72336230 missense_variant p.Leu182Met
T/C 72336300 synonymous_variant p.Lys158Lys
G/A 72336359 missense_variant p.Arg139Cys
T/C 72336597 missense_variant p.Arg115Gly
G/T 72337169 upstream_gene_variant
G/A 72337219 upstream_gene_variant
G/T,A 72337279 upstream_gene_variant
A/T 72337285 upstream_gene_variant
A/C 72337358 upstream_gene_variant
G/T 72337382 upstream_gene_variant
T/G,A 72337385 upstream_gene_variant
G/A 72337456 upstream_gene_variant
C/T 72337863 missense_variant p.Cys33Tyr
A/T 72337888 missense_variant p.Tyr25Asn
T/A 72337890 missense_variant p.Glu24Val
C/A 72337895 missense_variant p.Glu22Asp
C/T 72337897 missense_variant p.Glu22Lys
C/A 72337898 missense_variant p.Trp21Cys
C/T 72337902 missense_variant p.Ser20Asn
G/A 72337925 synonymous_variant p.Phe12Phe

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_04964.1
MFGQFSVQCSNSSACSTLNTAGRKSIEGVIRSSVRGQDFTLPPSQMCHNQPLAHTAFHLAEACFSGLLASPYGPQPNIHPTQLIGMPTARIPLPLDLSEEPIFVNAKQYHAILRRRQYRAKLESQNKLIKERKPYLHESRHLHALKRARGSGGRFLNTKKHEESKPTSQNHDIDVSRCTHLNLRGNMSESKACQLNYRDGASTATCLDISSASNSGDLFQQHQPDIRLCGYPSHIGRNMHGYSTDISGSGGGGGANQHRLSVLM*


CDS Sequence:
>Vu_04964.1
ATGTTTGGTCAATTTTCAGTTCAGTGTAGCAATTCTTCTGCTTGTTCGACACTTAACACAGCTGGGAGAAAGAGTATAGAAGGTGTAATCAGGTCATCTGTTCGTGGTCAGGATTTTACCTTACCTCCTTCACAAATGTGTCACAACCAGCCACTTGCTCATACTGCATTCCATCTTGCTGAGGCATGCTTTAGTGGCCTACTAGCTTCTCCATATGGCCCACAACCTAATATTCATCCTACTCAGCTGATAGGAATGCCTACTGCTAGAATTCCTCTGCCACTTGATCTTAGTGAGGAGCCTATATTTGTGAATGCAAAGCAGTACCATGCTATTCTGAGGCGCAGACAATACCGGGCAAAACTTGAATCACAGAACAAACTCATCAAAGAACGGAAACCATATCTTCACGAATCTCGCCATCTACATGCATTGAAGAGAGCCAGAGGTTCTGGTGGTCGCTTCTTGAATACAAAAAAGCATGAAGAGTCTAAACCCACTTCACAAAACCATGACATAGATGTTTCGAGGTGTACTCATTTGAATCTGAGGGGAAACATGTCAGAATCTAAGGCTTGTCAGTTGAACTACAGAGATGGTGCTTCCACAGCCACCTGTTTAGATATTTCTAGTGCATCTAATAGTGGTGATCTCTTCCAACAACATCAACCTGACATTAGATTATGTGGTTACCCTTCTCATATAGGAAGGAACATGCATGGTTACTCTACTGATATCAGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGCAAACCAGCATCGTCTATCAGTCCTTATGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_04964::LG1:72338041-72340041(-)
AAGAGAGTCTAGGGAGAAGACCAGTAAGCAGCAAAGAAAAGCAAAGGCAAAGGTATGGATACCTAAATTGAAATTGCATGATTGAATGGTTTGAAACTGATTGTGAACTATGTAAGGGGTGTGCTCTTATCTTGAAATTCAATTAAAGAAAGAATAACAAATGCAATGAACAAGTACGAGACATTCACTTGTACTAATAATAACAATAAAAAAATTTGTGAAATAGTTGTTATGATATATGATTTGGTATGGACTATATTATTTAGGTTTGTTGTTCCATGAAAGAATAATGAATAATTCTATTGTGGTTTGTTTTGGTATTTAATCCGTGAGTGATGAATTTGAAAACATAAACCATGTATAAGTGTCTCTGCCATTGGTTCTAATCAGTCATAATTAGGCATGAGACATTTTACCATGTGTAGGTTTAGATTACCCTTTTCAGTTTAGTATGAAGGTTATTTTTTTATAGATAGTATCTAGGATACCAGTCAGAGGTTCCCATTTCTTTTACACCATTTGTGAATCATTCAAAACTTAAGTAGGTTTATATATGGTGAAGGAAACAAAGTCAATTTAGACTTACAACCTAGTATGGAAACTTGGATTCTTAAATTTCAATTACAAGTGCTTAGTTTGCCTTCAATAACTAAGAAATATAATCTCTGCCAAGAAAAAAAATTATGATCAAAACAACAGTTTAATAAGATAGTGGTTAGTTTAGTTAAAAGCAGTTAGTAAACAAAATCTGATATGTTGATGTAATTAATAAAAACAACTACTACTAATCTGAACACAACATTATAGGTTAACCTACAAAAGCTTGAAAAAATAACAATTAGCTTAAAACATCAAAGAAAGTTCAAAATCATTTCCTGCTTCGTATTAAATCATTGTTATGTTCATAGTGTCATCAATTCCAAGAGTCAATTATGTGTTGTTCTGTTCTGTTCTTTAAATCCAACTCTGCAGAGTTAATGTTGGTTTGAAATCTGTTATTGCACTTTATTGTCAAAGGAAGCAAAGATTGTTATGCTAACTTTGAATCTAACTTTGAACTTAATTGTTGTGCAAAATTAAAGGAAGCAAAGAATGCTAAAAACACTAAGGCAGTTATTTGGGAGGAGGAAAGTGCAGAAAGGCTTGGAAAGATCTCCAGCCTAGTGCCACACACACAACAACTGCCAGTGGAAGGAGAGATGTTGCTGCAGCAGAGAGCTGGGAAGGAGGAAGGCAAGGAAGCCATGGAGACACTGCTGAAAAGAGTGGCTGAGCATAGGAGATTAAAACCAATAAGCCATTTCTTTCCTTTTCTTTTCTATTGTAGTGATAAATTTTTTTTATTAGCTTGCATAGTCATAGATAGCATAGTTAATAATAGGATAGAAAATATGTTGTTCTACATAAAACTAAAAAGAATTAATTTTGATCTTTGGCCTATTTGAACAAATTTTCTTCTTAGTTATATCTGTGGTTTGTCTGTGTTGTTATTAGGAAGCCTTACTCACTCACACATTGAGGACAATGTGCCTCTTAAGTGTGGGGGTGGGAAGGTATAAATTTAAAAATACTTGTTCTGATGTAAATAACTGTTTTAGCATTAGTTTTAGTAATAAAATAGGGATAATTTTTTTTCTCTGAGCTGTTTTTCCTTTAGCTTAGGTGTGGTTTAGTTTTAAATACTTAGTGTAGTTTACTATTCTTATTTTAGTGTGTAAATACCTTTCATAATCTGTTTTGGTTTTTTTAATAGGAATTAGCTAGTTTTTAGTTTTGATTGTTAATACTTCTTAGATTCTTTTACTTTCATTGATTCTGTTAGAACTTCTTTTAGGTTTCTTTCTTTTCCTGTTCCTATTTTCTCTTCCTTCTTTTAGTTTCTTGTTCTGTTGTTGTTTTCTTAGTAGTTATTTTACATTCTTTTCATTTTCCAGGTTCTGTTTGAGCTTGTAAATTAGGATTTGCTGTTTTAAGATTCCTTTTGTTAGATTGTTTAGTGC


Gene Sequence:
>Vu_04964(-)
ATGTTTGGTTTAAAGCTCTAGAAGTACTTTTTGTGTTATCAGAAAACACTTTTTGCTTAATGGATGTTGGTAAATACTTGTTGTAGGTCAATTTTCAGTTCAGTGTAGCAATTCTTCTGCTTGTTCGACACTTAACACAGCTGGGAGAAAGAGTATAGAAGGTGTAATCAGGTCATCTGTTCGTGGTCAGGATTTTACCTTACCTCCTTCACAAATGTGTCACAACCAGCCACTTGTAAGTTGATGTATGATTGTATCTTAGTGGACTGATATTGTTTGCAAATCTCTTTTCTTATGATTTGCTTTTCAGGCTCATACTGCATTCCATCTTGCTGAGGCATGCTTTAGTGGCCTACTAGCTTCTCCATATGGCCCACAACCTAATGTAAGACATTGGAATTTATTCATTTTTTTTCACTATTTTCTTATTCTTGTCAGCTTGTCTTCAGCACAGTGAGTTAAAGATTTATCATTCAAACAAATTGATAAAATAACTGTATGAGTATGAGTGGCATCAGGTTATGGTGTATCTGGAAAGTACTTTGTTTAGATCTGGTGTACTGAGTTTTTCACTTTCTAATTGCTCCACTCTGTGATTTCTGATTTTGTTATGATGTTGACTTACAAATAGGTTAAAGGTCTTTCGGGAAAGCATGATGCCCTTATTATTAGCAGTTTTAATTTGATTGGAAGCTTTCTGAGAGACTTTTGGATATATGTTACTATAAGTAGATGCTATTGTGGTTGATTCCTGTATTAATGCCATCATTATGCATATTTAAATGAATCACCAATAGTGCCTTTATTTTACTTATTATTATACGTGCTTAATTAGTTTTTACTATTTGTTGTGCCACTGTTAGCTTGCCAACCTTACAGATTCTCATAGTTCATAAAGTATGCTTATGAAGAATCTTTTTGGTTTAAAAATGTTTCTTTGCTCTCCTTTGCACCTCATTTGTTCTTATTCTTTCATCCTTTGTATTATTATTTACTGAAGCACTTTTTTATTATGGTGGAGAGCTTGTTTCTTATCTTTGACTCAAGGTGTTCTTTATTTTATAGACTTAACAATCTGACATGCATTCTTTACCAGACAGCATGGTTACTCTTGCTAACCTTTATGCTGAGTTGTTGGAAAAAGAAATTGAGCCTTCTATGGATAATCAAGCTTTTGAGTATTTGGATTCTCTTATGACGTGTTCATTCTTTATTTTAATTAAATGACCTAACAAAGTTACATAATGCCTTCAAACTTCCATCATGTTAGTAACACTAAGACATTATGTGCATTTCTATAATCTAAACCATGCTATCAAAATATGGCCAGATTCATCCTACTCAGCTGATAGGAATGCCTACTGCTAGAATTCCTCTGCCACTTGATCTTAGTGAGGAGCCTATATTTGTGAATGCAAAGCAGTACCATGCTATTCTGAGGCGCAGACAATACCGGGCAAAACTTGAATCACAGAACAAACTCATCAAAGAACGGAAAGTAAGTGCACTTCTGCATTTTAGAAATGCTGTAAAATCACTCTTTAACACAAGTGTTTGATAAAACATAAAAGAGTGATTTTACAGCATTTCTCATACTTCTCTTTTGTTTCCTTTTCCTTCTAAGTTCAACTTCTCTCCTTAACGTTACCATGTTTGTTTTTCAGCCATATCTTCACGAATCTCGCCATCTACATGCATTGAAGAGAGCCAGAGGTTCTGGTGGTCGCTTCTTGAATACAAAAAAGCATGAAGAGTCTAAACCCACTTCACAAAACCATGACATAGATGTTTCGAGGTGTACTCATTTGAATCTGAGGGGAAACATGTCAGAATCTAAGGCTTGTCAGTTGAACTACAGAGATGGTGCTTCCACAGCCACCTGTTTAGATATTTCTAGTGCATCTAATAGTGGTGATCTCTTCCAACAACATCAACCTGACATTAGATTATGTGGTTACCCTTCTCATATAGGAAGGAACATGCATGGTTACTCTACTGATATCAGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGCAAACCAGCATCGTCTATCAGTCCTTATGTGA