Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_04645 LG1 65702776 65703529 calmodulin-binding transcription activator 4 isoform X2
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription by RNA polymerase II, regulation of transcription by RNA polymerase II, regulation of transcription by RNA polymerase II, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription by RNA polymerase II, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   transcription coregulator activity, double-stranded DNA binding
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
G/C 65702797 missense_variant p.Gln49Glu
G/A 65702820 missense_variant p.Ala41Val
C/T 65703120 upstream_gene_variant
C/T 65703381 upstream_gene_variant
A/G 65703492 upstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_04645.1
MTPGYEYDINDLHQEAQARWLKPAEVMYILQNHEKFQLTQEPPQQPTSNSRLPFF*


CDS Sequence:
>Vu_04645.1
ATGACACCTGGTTACGAATACGATATTAATGATCTGCATCAAGAAGCTCAAGCCAGATGGCTGAAACCTGCAGAAGTGATGTACATTTTACAGAATCATGAAAAGTTCCAGCTCACCCAAGAGCCCCCGCAACAGCCAACCAGTAACAGCCGTCTTCCCTTTTTCTGA


Promoter Sequence:
>Vu_04645::LG1:65703529-65705529(-)
ATTGTGTCACGTGACAATGACAGTGTGACATGACACTAACAATACCACATATCATTATCAAACTACGTGTCATTGCATTAGTCTGAATTTAGTCCTTGTATTTTTATTTTGTCTCAATTTGGTCCTCTATTTTTATTTTGTCTCAATTTAATCTTAATTTTAAAAATTAAACAATTTTTTCCTTCTCTAAATTCAAACAAAATTTAATTTGTATATAAATTTTAACAAATATTTTTATTAAAATTGATATTTTTATTAAATATTTCTAACAAGATTAAGTTTGTTTATATTATTATTTAACTAATTATATAAATGTTAATTATGTTCTCTAAATATACATATAAGAGTTAATTACGTTAATTTATTTTATTTAAAAAATTAAAAATAAAAATGAAAATAATTAAAAAATTAAAAAAAATCACGAGCTGACACGTGACACCTCGGTTAAGTACGAAACTAATAACAAGACCTAATTGCTTTAATTTTTTAAAAATAAAGACCCAATAGGAAAAAAACTAAAAAGCTATTTGAGACTTCTCAGCAAAATTAGAAACGTCGAAAATGATTAAATCTAAATATTAATATATTTTATTTTTAATATAAAAAAATTTCAGTCTCTAAATCTTCAAGTTTTGATTATACATTAATAGTTTTAATAAATACATGTAAAAATGACAATATATTAAATATATGTAATTATCTTAATTAGTAACGAAATTTAAATAAAATTAATTGTTTTATTAGGATTATAATTTTTTCTTAATATACTATAAATAAACATGTTAATATTTATTATACTAAATATATATATTCACACATAATAATGAATTATTTTAGTAAAATCATAATAATGAATTTTTCTTTTCAACATATGTAGAAGTTTATAATAGAATAATGCTTTTATTATGTTTTAAATATTTACTTCTACACACAATCAATCATATATCTAATTATACTTATTCTATATAATTGAAAGTATTTTTATTGTATATTAACATAAACTAAAATATTTTATAACATTTTTATACAATATTTATTTATTTTTGATGAAAAAATATGAATATATACCTATTATATAATTATAATATTATAAAAACAATAAAAAAAATTATTACTGAATTTTTTGCTCATTGTTCATAATTCCGACAAAATTTTAGTAACAATTTTATTTTAATAATTTTTATAAAATTATTTTCAACTTTTACTTTTATTTTGTACTTGTGTTTCTAGTAGTTTTACTATAATAAAAATACGGATATATATATTCACACCCATGAGTTTCCATGTTATTTCATAAGACTTAAGTTTATAGATCATTCATCAGGGTTGGGCGCATTAAATATTTAATTAAAATAAAAAATAAAATATTTATAGATAAAATAACTGAAGAGTTATAATATTCTTTATGTTTAGTTGCATTTTCAACCGCGTAATAAATATTTTTTCGGTCTTTTATATATTTTCTTAAATATTTTAAAAAGTAGTTGAAAATGTTGAGAAAAGGTAAACACTGAGGATAAAATAGTCCTTGCGTTTACTGGTCAGAAAAATCAAACTTGCTCCAAGTTTGAAGTCTTTTTATAATAATTGCAAACTATTTCACACATAGATCTTGAAATATCTAAAAATAAATTATAGAGGTGGGAAAAGCAAGACATAGCAACCATAAATGAAGTTTCTCATATGTTGTTGGTCTTGGTCTTGGTCGTGGTCTCCGAGTTGTTTAATAAACTTGTAACAAAAAATAAATTGAGTAATAAAAACACGTTGGTTAACCTTAACCTTAATCACAACCTCAAATCAATTCTAACTTTCAACCAAGACCAACTCTCTGTGTTTCCACTTTCTGCTTCTTCAACTTCCTTTCTCGATCCATTCTTAGGAACCAACTCGAGCGTGCGTTGCAGACCGCACCGAACCAAATCTAGAAGCCTCTCCGGTTCGAAAAATGCTCGGTGTCCTGTTCCACTTCTAGCTTTTCATTCCTCTGGTTCAATACC


Gene Sequence:
>Vu_04645(-)
ATGACACCTGGTAAACGTGTCTTTTCGTTTTCTTAATTGCGTTTTCTTTAGGAAAAGAAAAAGAAACTGGAAATTGGGATGTTTAATGTTTTGGAGCGTGTATGGTTGAATTAATGAGTTTGACTTGGTTTGTTTGTGCAGTTGAAATGAGCCACATCACTTGTGACTTGGTGTGTGTGCATTTTGTTTAGTTTTCTGTCATTGGTGCTTTCAATTGGGACCATGTGTGCTTTGGAATCATTGTTATTTGTTTGGAATCCGTGAAAAATAAACACTCGCACTTACACTAAAGCATTTTAGTATATTCTATGTAACATGCTTTTAGCATTTTGATTTAATTTAATAGATTATTTTGCTGCCCCTAACCCATTTTTCTTCGGATTGAATTGTAATATTGGAGTAATTGATTGGTGCTGGGCAGATAAGAAAAAATTAAGTTGTTAGTTGCATTTGAAGTTCTTATTAATGGTTAAACATGTCGCCGTGTTATCTAATTCATCTGCTCTAAGGTAGAAAAGAAAACGATGGTGATGGTGATGGTGATGAGGATAGAAAGGTTTATAACTTGTTGGACTTATTTATTGTTGTTGTTTCAGGTTACGAATACGATATTAATGATCTGCATCAAGAAGCTCAAGCCAGATGGCTGAAACCTGCAGAAGTGATGTACATTTTACAGAATCATGAAAAGTTCCAGCTCACCCAAGAGCCCCCGCAACAGCCAACCAGTAACAGCCGTCTTCCCTTTTTCTGA