Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_04390 LG1 60701538 60705577 hypothetical protein LR48
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 60702008 intron_variant
C/T 60702013 intron_variant
T/A 60702022 intron_variant
A/G 60702055 intron_variant
G/A 60702078 intron_variant
G/A 60702128 intron_variant
G/A 60702133 intron_variant
A/C 60702135 intron_variant
C/A 60702216 intron_variant
G/A 60702224 intron_variant
A/G 60702231 intron_variant
T/A 60702348 synonymous_variant p.Pro671Pro
A/T 60702482 intron_variant
G/A 60702637 synonymous_variant p.His611His
T/A 60702824 intron_variant
A/T 60702825 intron_variant
G/A 60702916 synonymous_variant p.Thr551Thr
G/T 60703023 missense_variant p.His516Asn
G/T 60703125 intron_variant
G/A 60703404 splice_region_variant&intron_variant
C/T 60703454 intron_variant
A/G 60703455 intron_variant
C/A 60703465 intron_variant
G/A 60703469 intron_variant
A/T 60703536 missense_variant p.Ser409Thr
A/G 60703629 intron_variant
G/A 60703797 synonymous_variant p.Arg357Arg
A/G 60703903 missense_variant p.Met322Thr
T/G 60704024 missense_variant p.Ile282Leu
T/G 60704050 missense_variant p.Gln273Pro
G/C 60704066 missense_variant p.Leu268Val
A/T 60704197 missense_variant p.Val224Asp
G/T 60704253 synonymous_variant p.Arg205Arg
G/T 60704272 missense_variant p.Ala199Asp
G/T 60704299 missense_variant p.Ser190Tyr
A/T 60704371 missense_variant p.Val166Asp
T/A 60704624 intron_variant
T/A 60704631 intron_variant
G/T 60704721 synonymous_variant p.Arg83Arg
G/A 60705083 intron_variant
A/T 60705088 intron_variant
C/G 60705450 intron_variant
A/T 60705519 intron_variant
A/C 60705521 intron_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_04390.1
MQVGRIFKECSHPDETRRRQIGEELGLDAKQVKFWFQNKKTQLRTKSERLDINVLRLENERIQSENRIMSETLKTIACAPCGGRSMRQEERELYLQILKCERVVSFMANNGINPELLPAVPSTSSSSPLDTLRATLLNQTVGTSRNQPILNHEEYIPSPSQHDIPAVNQDIFNHGHNQEIPDLALDQHVSSLTLTVTSPATVDPFRSQDDPLLISCLEYNIPALVTALDQNILSLASTRNQNNINLHVVEKQSQGLNPCLNVPSVTPTLDQDNQHPGQDISSILQDHTPSLDLDLDAILHILNSDVVSQPKTSENKDTENARMLKIANNAMEELMKLLSMNEPFWFRSLVDERFVLQRDCYQRIFQRSNSLNGPHARVESSKDSRVVKMSGTELVEMFLNSDKWADLFPSIVKKAETIEVLESGDKSRILVQMNAEMHILSPLVPTREFSFLRYCKQIEAGVWTIGDVSIDSSTHKISNVSSSRRLPSGLLIQEIADGLCRVSWVEHVEVDDKIQTHHLFRDLICGNNAYGAERWVLALERMCERIASASAETIPRSDVGGVIRSPDSRRNILRLTRRMVKSFCESLCMQDNTSFPHLTRMNNGPIRVAIRVNTNGPGEPKGMVLSAATSFWLPISPQDIFDYLIDDRKRAKWDVLCSGNAGHEIQRITTGSNPGNCVSIMRPFIPKENNIVILQESYVDALGSMMLYAPFDMKALNYVMNGEDTSLFPILPSGFTISRDAKPDVPEGQSGEVGKSEGSLVTLMFQILASSPSRMSMVDIEFVSNVNALVTSTIEHIKDALNCSHSK*


CDS Sequence:
>Vu_04390.1
ATGCAGGTAGGAAGAATCTTCAAAGAATGCTCACATCCGGACGAAACACGACGCCGTCAAATAGGAGAGGAGCTCGGGCTCGATGCTAAACAAGTAAAGTTTTGGTTTCAGAACAAGAAGACACAGTTAAGGACCAAAAGTGAGCGATTAGATATCAATGTTCTTCGTCTTGAGAATGAAAGAATACAATCCGAAAACCGTATAATGAGTGAGACTTTGAAGACCATAGCATGCGCACCGTGTGGGGGTCGATCCATGAGACAAGAAGAGAGAGAACTTTATTTGCAAATCTTGAAGTGTGAGAGAGTAGTTTCATTTATGGCAAACAACGGGATCAATCCAGAACTCCTTCCGGCTGTTCCTTCTACTTCTTCTTCTTCTCCACTTGATACCTTACGAGCAACTTTGCTAAATCAAACGGTTGGAACTTCACGAAATCAACCCATTCTTAATCATGAAGAGTATATTCCTTCCCCTTCTCAACATGATATTCCAGCAGTTAATCAAGATATTTTTAATCATGGTCATAATCAAGAAATTCCTGATCTTGCACTTGATCAACATGTTTCTTCTCTTACTCTTACTGTTACTTCTCCTGCCACTGTTGATCCCTTTCGCAGTCAAGATGACCCTCTTTTGATTTCTTGTCTTGAATATAATATTCCAGCTTTGGTTACTGCTCTTGATCAAAATATTCTCTCACTGGCTTCTACTCGTAATCAAAATAATATTAACCTTCATGTTGTCGAGAAACAAAGCCAAGGACTTAATCCATGTCTAAACGTTCCTTCTGTTACTCCTACCCTTGATCAAGATAATCAACATCCTGGTCAAGACATTTCGTCCATTCTTCAGGATCATACGCCATCTCTTGATCTTGATCTGGATGCGATACTTCACATTTTGAACAGCGATGTGGTATCCCAACCGAAGACCAGCGAAAATAAAGATACGGAAAATGCACGAATGTTGAAGATTGCGAATAATGCAATGGAAGAGTTGATGAAACTCTTAAGTATGAACGAACCCTTCTGGTTCAGGTCTCTTGTGGATGAGAGATTCGTTCTTCAGCGCGATTGCTACCAAAGGATTTTTCAAAGGAGTAATAGCTTAAACGGACCTCATGCTCGAGTAGAATCTTCCAAAGATTCACGAGTGGTGAAAATGAGTGGGACAGAGCTTGTGGAAATGTTTTTAAATTCGGACAAATGGGCTGATCTATTCCCATCAATTGTTAAAAAAGCTGAAACAATTGAAGTACTCGAAAGTGGTGATAAGTCAAGAATATTGGTACAGATGAACGCAGAAATGCACATTCTTTCACCTTTGGTTCCAACTCGGGAATTCAGCTTCCTTCGTTATTGTAAACAAATCGAAGCAGGTGTATGGACCATAGGGGATGTGTCAATTGATTCTTCGACACACAAAATCTCTAATGTTTCCAGCTCTCGGAGGCTTCCATCTGGATTGCTGATTCAAGAAATTGCTGATGGATTATGCAGGGTTTCTTGGGTGGAGCATGTGGAAGTGGATGATAAGATCCAAACTCACCATCTTTTTAGAGATCTTATCTGTGGCAATAATGCATATGGAGCAGAAAGATGGGTTTTGGCACTCGAAAGAATGTGTGAGAGAATTGCAAGTGCCTCAGCTGAAACCATACCTCGAAGTGACGTTGGAGGAGTGATTAGGTCACCTGACTCAAGGAGGAATATATTGCGCCTGACTCGTCGTATGGTGAAATCTTTCTGTGAGAGTTTGTGCATGCAAGATAACACAAGCTTCCCACACCTAACCAGGATGAACAATGGCCCCATTAGAGTTGCTATTCGAGTGAACACGAACGGGCCAGGTGAGCCTAAAGGCATGGTTCTCAGTGCAGCTACCTCCTTTTGGCTTCCAATATCTCCACAAGATATTTTTGACTACTTGATAGATGACAGGAAACGAGCCAAGTGGGATGTTCTATGCTCTGGAAATGCAGGGCACGAGATTCAACGCATCACAACAGGTAGTAATCCAGGAAACTGTGTTTCAATCATGCGGCCTTTCATCCCTAAAGAGAACAATATAGTTATTCTCCAAGAAAGTTATGTAGATGCTTTGGGATCTATGATGTTATACGCTCCTTTTGATATGAAGGCATTGAACTACGTCATGAACGGAGAAGACACGTCACTGTTTCCGATTCTTCCCTCTGGCTTCACCATATCCAGGGATGCCAAACCAGATGTTCCTGAAGGACAATCTGGAGAAGTTGGCAAATCAGAAGGTTCGTTGGTCACTCTAATGTTTCAAATTTTGGCTTCTAGTCCATCTAGAATGAGCATGGTAGACATCGAATTTGTAAGTAATGTTAATGCACTTGTGACCTCAACAATAGAGCATATTAAAGATGCTTTGAATTGTTCCCATTCAAAGTAA


Promoter Sequence:
>Vu_04390::LG1:60705577-60707577(-)
TTTATTTATACTTTTCACCCAAACACACAACAAGCCATTTCTTGATTCAATTTTAATTTTTACATTAGAAATTATACAATTTTTTTTTTGTGAGACTTTTTCAAGATTTTGTTTTCTTTTATATAATATTTTTTCATGTTGTTTTTGCAGATGATGGATTCTTGTAGAAAATAATAGAATAACTCATTCTTCTCTTGACAATAATAATTAATAAATGAAAAAAAAAGGATTATGACTTAAATAGTTGTGAAATATAATTTCTTTATTTTATTACTGAATTAACTAGTTTATTATTAAGAAAACTACTTAATTTAAAGTAAAATATTAAATGTATCTAAAATTAGGTATGTGTTTTTTTTCTAATATTATCACTGATATTAATTTGGAAATGCCTTTTTTTTTTTTTCGTTTCTTCTTCTAAATATCCTTACTGGTTTTACTTCTTTTAATCTCCCTCGCCAGTAATATATGATTAGGAATAGCAAACAAATAGATGAAAATTAAGGTTTGAAATTATTGTGAATATTTAAAAATGAAATGTTTTTTATTAATATTTATTTTTATTTTAACTTATTTATGTTTTAATATTACTATTATTTATTTTTAATATTATTATTATTACTGTTTTTTTCTTGGTTATACGTGAGAATAGGCAAACTAAGATTACCGAAGCAAAGTTTTATTAGTAGAGAAGAATAAAATAAATTGATGAAGTAGATGATAAAGAAAATTAGAGAAGTACATAAAAAAATATGATAAAAATAGAGGTTTGATAAAGAAAGTTAGATGAAAATTAACTTTTTTATTATAATTTATTTCTTAACTTTTATTATTAACTATTATTGACTGTTTTTAGTGGGTATGAGGGATCCATTATTTTTCTTTTGGGAAGTTTTTCTACATATTATTCATTAACTTAATCAATTAATACCTTTTTTCTTATTCTCGACCATTTTCAACCTACCAAACAGTGCTAAATTCCCAATGAGCTTAAAATGTCAATCTATTTCATATATTATATATTTACATTTATATATTGAAGCCAAACTTTAAATTTGCTATTTACAAAATGATCAGAGAAAGTAAATGTGTTAATAACTCCCAAAAAGATCATGCAATAAAAATATCTTAGATCATACTGTCTATAATATAGGTGAATCTTATTGAAAATAATTACAAAAATCTATTGTTTTTACACTCGTAGTTTATATATAATCTTCGGTAAATATCGTAACCAATGATAAATAATATGTATTGAAGTATAACGTGAGAGATTCATTTCAGTCTTTTTTATTTTTAAATTCTTTTATCAGACTAATTATATCTCTTGATAACTAGTTCTATGAATATTTTCCTATTTTTAATTTAAAATGTTAACACATGTTATCACATTATTAAAATACGGTTACTAAGTAAGTGTTTTTATTTTACAAAAGTGCTAAAGTATATTTTTCCTTAAATTTTGTTAGAAGTACTTTATCTTATTACTATTTTGATAAATGATATCATGACACACTTTTACGTTCATTTGACACAGTATCAAGATAAAATGATTCTAAAAGTGTAAAGTTTTGCATTTTTTCAAGAAAAAAGAAAGTGAAAAGTAAGTAAAGATAATGTTAAATAAATATAAAAAAATTAATTGGGTAAAAGAATCATTTTTCTACTATTTTTTCCATTTCGTATCTCTTTCCTTCCTTTTCATACACCAAAATGTTTCAGAGAGGCGTCGCAATATTTGCCTTTTTTAATTAAACCTTTTTCTATTTAAATCACTTTCTATGTATACCAGGTTTAGATACTAAAAGTATCATTCTCTAATCAAAATTTAAATTATACTTTAATAATCTATACATAATGTACTGCATTAGGTGTTAATATATCATGGTAAAACTTTATTGAAGGTTTCATCTATGTGCATGCATATATTGTAATTTCTGGTATCTATATATATACATGACTTTTTGTTTGTGGGACTAAGATGGGTACTGTTTTTCACC


Gene Sequence:
>Vu_04390(-)
ATGCAGGTAGGAAGGTAGATACAGAGGGATTGGGAACATTTTGGTTGGTCGCTGTTTATTTTTTTATTTTTTATTTTTTATGTATAGGGTTCAGTATTTATACACATACACACTGAAAAACAGTACTGAAAATATATAAAGAAAACTGCATAGAAGTTCTATCCCAACATGTGTATATGCATCCATAGAGACATAAAATAGAATCCAGAAGGTTCAGCTGGTGCTCGAGCTAAACAGCTGAATGGTTTTGGTTATTCCTCAAAAGTTTAATTTAACCAGTTTAATATTTCATTGGTTTGTGACCCCTAAGAAATTTCATTGTGATATATATATGTCTTATATTTTAGATTTATAGATGTAAAAATGAGATTCGATTTAGATATGTTTCATGTGTTTATTGATGTCTGCATTGGTTATGGATTTCTTTTATCTGTTGTTCATACCTTTGACCCAAAACCTTATACATGTAATGCTTTTTGCTGTTAGACATTCAACACTCTCTCAATAACCTAACTGAGATTTTCCTTTTCGAAACTCAGAATCTTCAAAGAATGCTCACATCCGGACGAAACACGACGCCGTCAAATAGGAGAGGAGCTCGGGCTCGATGCTAAACAAGTAAAGTTTTGGTTTCAGAACAAGAAGACACAGTTAAGGGTTAGTCTATAGTTTTTCATGATCATGCTTAGTTAGTTAACAATAATTACTATTTTGAACAATGATTTCGTGCAATTTTCAGACCAAAAGTGAGCGATTAGATATCAATGTTCTTCGTCTTGAGAATGAAAGAATACAATCCGAAAACCGTATAATGAGTGAGACTTTGAAGACCATAGCATGCGCACCGTGTGGGGGTCGATCCATGAGACAAGAAGAGAGAGAACTTTATTTGCAAATCTTGAAGGTAGAAAACATTCTATTAATCAAAGAGGTTAGTAAAAAGTATATTAATTAATTGCTTCTCTTGTGATGTGAATCTCACACTGTTATGCATCATTTTTCAGTGTGAGAGAGTAGTTTCATTTATGGCAAACAACGGGATCAATCCAGAACTCCTTCCGGCTGTTCCTTCTACTTCTTCTTCTTCTCCACTTGATACCTTACGAGCAACTTTGCTAAATCAAACGGTTGGAACTTCACGAAATCAACCCATTCTTAATCATGAAGAGTATATTCCTTCCCCTTCTCAACATGATATTCCAGCAGTTAATCAAGATATTTTTAATCATGGTCATAATCAAGAAATTCCTGATCTTGCACTTGATCAACATGTTTCTTCTCTTACTCTTACTGTTACTTCTCCTGCCACTGTTGATCCCTTTCGCAGTCAAGATGACCCTCTTTTGATTTCTTGTCTTGAATATAATATTCCAGCTTTGGTTACTGCTCTTGATCAAAATATTCTCTCACTGGCTTCTACTCGTAATCAAAATAATATTAACCTTCATGTTGTCGAGAAACAAAGCCAAGGACTTAATCCATGTCTAAACGTTCCTTCTGTTACTCCTACCCTTGATCAAGATAATCAACATCCTGGTCAAGACATTTCGTCCATTCTTCAGGATCATACGCCATCTCTTGATCTTGATCTGGATGCGATACTTCACATTTTGAACAGCGATGTGGTATCCCAACCGAAGACCAGCGAAAATAAAGATACGGAAAATGCACGAATGTTGAAGATTGCGAATAATGCAATGGAAGAGTTGATGAAACTCTTAAGTATGAACGAACCCTTCTGGTTCAGGTCTCTTGTGGATGAGAGATTCGTTCTTCAGCGCGATTGCTACCAAAGGATTTTTCAAAGGAGTAATAGCTTAAACGGACCTCATGCTCGAGTAGAATCTTCCAAAGATTCACGAGTGGTGAAAATGAGTGGGACAGAGCTTGTGGAAATGTTTTTAAATTCGGTCAGCACTTCTATAACTCTATATTCCATCAAACATTTTATTGGTTGTCTGCATATTTGAAATATTATAACACTCTTAAAATATGATATACGCTTTGATCTTTGAAGGACAAATGGGCTGATCTATTCCCATCAATTGTTAAAAAAGCTGAAACAATTGAAGTACTCGAAAGTGGTTCGTTAGGAAATAGAAATGGAGCTTTGCAGTTGGTATGTTTTCCTGAAAACCTTGTTTTATGTGGGTTTACAATAATCTCTTTGGATCAGGTGATAAGTCAAGAATATTGGTACAGATGAACGCAGAAATGCACATTCTTTCACCTTTGGTTCCAACTCGGGAATTCAGCTTCCTTCGTTATTGTAAACAAATCGAAGCAGGTGTATGGACCATAGGGGATGTGTCAATTGATTCTTCGACACACAAAATCTCTAATGTTTCCAGCTCTCGGAGGCTTCCATCTGGATTGCTGATTCAAGAAATTGCTGATGGATTATGCAGGGTTAGTAAGTAAATTACATTATCTGTGACTTCTTATAATAGCTCTTTTCATTCATTGCTGCATTGTTGAGAAAACTCCTATTGTTTAATTTTGACAGGTTTCTTGGGTGGAGCATGTGGAAGTGGATGATAAGATCCAAACTCACCATCTTTTTAGAGATCTTATCTGTGGCAATAATGCATATGGAGCAGAAAGATGGGTTTTGGCACTCGAAAGAATGTGTGAGAGAATTGCAAGTGCCTCAGCTGAAACCATACCTCGAAGTGACGTTGGAGGAGGTTGGTTACACTTTGTTTTCTTCGCTCCAAACCCTTATTCTCGTTGATCTATTACCATTTGTTCATATATGAAGTTTATGTCATTCGTTTTTCTCAGTGATTAGGTCACCTGACTCAAGGAGGAATATATTGCGCCTGACTCGTCGTATGGTGAAATCTTTCTGTGAGAGTTTGTGCATGCAAGATAACACAAGCTTCCCACACCTAACCAGGATGAACAATGGCCCCATTAGAGTTGCTATTCGAGTGAACACGAACGGGCCAGGTGAGCCTAAAGGCATGGTTCTCAGTGCAGCTACCTCCTTTTGGCTTCCAATATCTCCACAAGATATTTTTGACTACTTGATAGATGACAGGAAACGAGCCAAGGTTCAAACCCTAAAACTTATATAAAGCATGCATTCTGTTTTTTGATGGTAAATTTTTTAACTTTTGCGTAGCAAAATCATCGATGCTTCCATGTTATTTTCGTTGTAGTGGGATGTTCTATGCTCTGGAAATGCAGGGCACGAGATTCAACGCATCACAACAGGTAGTAATCCAGGAAACTGTGTTTCAATCATGCGGGTACGTACTTGTTATTTCTATTTCAGTTTCATGTTTTCCTGCTATATTCAGAACGTTTTTCAATTAGATTACGTGAAACATATTATGGAAACTCAGAAACACGTGATGCAGATTGAATAAAATCAAGGAAACACTGTATAAGCTATCACTTCTAGAACCTTTTCTCAATTTCTTCGTCGTATCTTCTCTTCTTTCCATCTCAAACTCCATTTTCAGACAAACGTTTAACAGAGGTCTAAAAATTGCTTTTCTTTTAAACAAAAGGTGATATGCAATGCATGCCATTCAATAAGTAAATGGAAAAAAATTCGCACCGAATCAAAACTCATGATGTCTCTGAGGTTTTGTTTTACAGAATTGATATATGAGAAGTATCATAAAAATTGATTTCAATTTATTCATACGCAGCCTTTCATCCCTAAAGAGAACAATATAGTTATTCTCCAAGAAAGTTATGTAGATGCTTTGGGATCTATGATGTTATACGCTCCTTTTGATATGAAGGCATTGAACTACGTCATGAACGGAGAAGACACGTCACTGTTTCCGATTCTTCCCTCTGGCTTCACCATATCCAGGGATGCCAAACCAGATGTTCCTGAAGGACAATCTGGAGAAGTTGGCAAATCAGAAGGTTCGTTGGTCACTCTAATGTTTCAAATTTTGGCTTCTAGTCCATCTAGAATGAGCATGGTAGACATCGAATTTGTAAGTAATGTTAATGCACTTGTGACCTCAACAATAGAGCATATTAAAGATGCTTTGAATTGTTCCCATTCAAAGTAA