Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_03868 LG1 52386667 52387420 PREDICTED: TMV resistance protein N-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   signal transduction
Cellular Component   located in   cytoplasm
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 52386676 synonymous_variant p.Leu4Leu
C/T 52386679 missense_variant p.Pro5Ser
G/A 52386695 missense_variant p.Arg10His
G/T 52386702 synonymous_variant p.Leu12Leu
C/A 52386802 synonymous_variant p.Arg46Arg
T/A 52386805 missense_variant p.Ser47Thr
A/T 52386906 synonymous_variant p.Pro80Pro
G/T 52387342 stop_lost p.Ter156Leuext*?

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_03868.1
MQHLPAKLCRKLARPACDVFINHRGIDTKRNIAGLLYDSLTRMEVRSFLDSMNMKPGDRLFDHIDRAILGCKVGVTVFSPRYCESYFCLHELALLMESKKRVVPIFYDVKPSQLVVKDNGTCPAKQLRRFSLALEEAKYTVGLTFDSFKGDWSEILRDASDAVMMNLLEVEEERKNMKRKQ*


CDS Sequence:
>Vu_03868.1
ATGCAACATTTGCCGGCCAAGTTGTGCCGCAAACTGGCTCGTCCAGCATGCGATGTGTTCATAAACCATCGTGGCATCGACACCAAGAGGAACATCGCGGGGTTGCTATACGACAGTTTGACTAGGATGGAAGTGCGGTCGTTTTTGGACAGCATGAACATGAAACCTGGGGATAGGTTGTTCGATCACATCGACAGGGCCATTCTAGGTTGCAAAGTGGGTGTTACGGTGTTTTCGCCACGTTACTGTGAGTCGTATTTTTGTCTACATGAACTCGCTCTTCTCATGGAGTCAAAGAAGAGGGTTGTGCCCATCTTCTACGACGTTAAACCTTCGCAGCTTGTGGTCAAGGACAACGGAACTTGTCCTGCTAAACAGCTTCGGAGATTCTCTTTGGCACTCGAGGAAGCTAAATACACTGTTGGATTGACCTTTGATTCTTTCAAAGGGGACTGGTCGGAGATACTGAGAGATGCTTCAGATGCAGTGATGATGAACTTACTGGAGGTAGAAGAAGAGCGAAAAAACATGAAGAGAAAACAGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_03868::LG1:52384667-52386667(+)
GGGGTTCAGCTAATTTCTCTTTCTTTCGTGGTCGTGGGTTTTGGCATTGGTCCCCATGCTTAACTTTTTTTTTTTGTTTTCTTTAATCACCACGAGATGCTAGTAGTTCCATGACCATTGGTAGGGTCTGAGGTGCAACATGATTGGGAATTTTTTATATTTGTTTGTCATGCACTCACTCCTTTGAATAAAAAAAAATACATCTCTTATACTCATGATTATTATGAAGTTCTTTTTAAAAAATGCCTTAAATTTCCGAGAAAAAAATATTACTCATCTAACATAATTTTATTTCAATACTAAATAAAAATATTAATATAAATGCAACTGAGAGAGACATAACACTCCACTAACAAACCTTAAAACCTAATTTGGATCGTTGAACAAAATTTTGTTTACTCTTTCCTTAGTTCTATTTTCACTCTTCTTTTAGTCTAAGTATAGTTTTTCTCAAATTATTATAAAAATTGTTTTATTCTTAAACTAAATTATGAAAGATTTACTACTATATAAAATTATATATTATCAAGTGTCGTTGGTAAAAATCTATCGACAAATTGTATTTACCAACGGACTTTCGATAGATTAAAAATCTTTTAGTAAAAGGATCATTAGTAAATTTTATAAATATATTAAAAAAAATTTCGATAATTACTAATAATCATAAATTTATCAATAATTACTAACAAATTTTACATGTTAATAACATTCATTGATTAGGTTTCTTTCCTTTCTTCTTTTTTTTCTTATATTTCTTCTGCTAGATATACATCTCATTCATATTCGATGGAGTGCAAACATTATTCCTAGTACTATCAAATTTGGAGAACAGATCTAGGCCGAAACTTGCATCAATGGCGTACATTTTAAGTATTCAAAATAAATATAGCTTTTGAACCAACATTTAGTATTGGTTTAGTGTGCTTAATAAATATTGAGGTTCATTTCTTTCTGAAAAATGTTGAAGCCACACAAGAAATTGGAGATTAGGATTTGTTGTCCAAGGTAAACTTTATATTATTTTTCCTGTATTTTATAACAAACTAATTGTTACTATAATATATTTAACCAATGAATTTGCCTTTTTCTTTACTTAAGTTGTGATGTAGGAAAAGAAGATGAAATCAAAGATGTTGAAAAAGATGACCAAGCTATACTAAATAGGGACTCAAATGCTGTTAGAGAAGCTAAAGGTTGTTAAAAACAAAAAAGAATCTGATATGTCAAGTCTTTAAAAACAATTTAAATATTATTATTCCTATTGACTATTGAACATAGAGACAAACATGGTAAATGTTGTGATATTGTTAATATCTTAAAAAAAATTATCATTTTGTTAATTTTACATTTTTTGTAGATTTTAGTTTAACAATAAAAATCATATAATTTTATGTAAAAAAATCTGTTTTAGTAATTTCCTTTTATAATATTAAATTTTTTTAATAATATACACAAGATTCTAAATTCAAAGTCTTTATAAAAAAGAATATATATATATTAATAGTTAATTTGTATTTGTAAGAAGATGATGTGTGGAAACGGATATGATAAACCTAGTTTATAGGGACGACAGGAAGCAACAGTCTAAATTTCCCACAAAAGGCAAGGCAAAATTACTAGACATGACCATGTCAGCGGATCTGCGTTAAGGATTCCCCACACATAGAATAAAGTGACCAACTACGTGTTTGAAGGACAAGCACAGTTCCAATCACATGCATTCTAGGCAGTCAAATTTTTCAAACACTTTTACTCTTTTTCGTCAATACCTAGTATTTTCTCGAGTCCAGACATTAACCATTGAATTTCAAACCCCAACCTTATAAAACTGGTCGTTAATCAAACCCTCTCCAATTCCTCTATCAACCACCATTTTTTAAACCAGAAACGCTAAGCACAAAGACAAAATCACACCTACAACATATACCTCCATACGTTCATTCACACAAACAAAAACAAAATAGTTTCTTTGCATATACCAAGGTAACTTGTCGAAGCCA


Gene Sequence:
>Vu_03868(+)
ATGCAACATTTGCCGGCCAAGTTGTGCCGCAAACTGGCTCGTCCAGCATGCGATGTGTTCATAAACCATCGTGGCATCGACACCAAGAGGAACATCGCGGGGTTGCTATACGACAGTTTGACTAGGATGGAAGTGCGGTCGTTTTTGGACAGCATGAACATGAAACCTGGGGATAGGTTGTTCGATCACATCGACAGGGCCATTCTAGGTTGCAAAGTGGGTGTTACGGTGTTTTCGCCACGTTACTGTGAGTCGTATTTTTGTCTACATGAACTCGCTCTTCTCATGGAGTCAAAGAAGAGGGTTGTGCCCATCTTCTACGACGTTAAACCTTCGCAGCTTGTGGTCAAGGACAACGGAACTTGTCCTGCTAAACAGCTTCGGAGATTCTCTTTGGCACTCGAGGAAGCTAAATACACTGTTGGATTGACCTTTGATTCTTTCAAAGGGTACGTATTTCACGAACTAAAATGCCAAAAATAAACATCACCATAAAACTATAAACAATAATACTAAATTAAAAATACCATCTGTCAATGATGGCCAAAAAATTATCTTACACTATAATTAACAGTATCAATTTTGTTTTATTTTTCAGTAATTGTTAAATTGTTTTGGTTAATTAATGCAAAAATGTTCAATTTGATGCGTTTTCAGGGACTGGTCGGAGATACTGAGAGATGCTTCAGATGCAGTGATGATGAACTTACTGGAGGTAGAAGAAGAGCGAAAAAACATGAAGAGAAAACAGTGA