Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_03546 LG1 48483367 48489007 PREDICTED: uncharacterized protein At4g06598
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   response to wounding, vegetative to reproductive phase transition of meristem, vegetative to reproductive phase transition of meristem, negative regulation of metabolic process, cellular localization, vegetative to reproductive phase transition of meristem, vegetative to reproductive phase transition of meristem
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   protein binding
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 48483401 5_prime_UTR_variant
G/T 48483509 5_prime_UTR_variant
A/G 48483583 intron_variant
A/C 48483614 intron_variant
C/A 48483772 intron_variant
G/A 48483940 intron_variant
A/G 48484088 intron_variant
G/C 48484233 intron_variant
A/G 48484496 intron_variant
A/G 48484543 intron_variant
T/C 48484546 intron_variant
C/T 48484691 intron_variant
T/C 48484830 intron_variant
A/T 48484833 intron_variant
G/T 48484842 intron_variant
T/G 48484846 intron_variant
A/T 48484916 intron_variant
T/A 48485039 synonymous_variant p.Pro29Pro
G/T 48485249 synonymous_variant p.Ser99Ser
A/T 48485312 missense_variant p.Lys120Asn
T/A 48485321 missense_variant p.Ser123Arg
A/G 48485588 synonymous_variant p.Leu212Leu
T/A 48485601 missense_variant p.Ser217Thr
A/T 48486001 intron_variant
C/T 48486062 intron_variant
G/T 48486250 intron_variant
C/T 48486887 intron_variant
T/G 48487176 intron_variant
C/T 48487432 intron_variant
T/A 48487438 intron_variant
T/C 48487490 intron_variant
G/A 48487586 intron_variant
A/T,* 48487590 intron_variant
A/G 48487681 intron_variant
G/T 48487683 intron_variant
C/T 48487699 intron_variant
T/C 48487779 intron_variant
T/C 48487818 intron_variant
T/A 48487820 intron_variant
A/C 48487829 intron_variant
C/T 48487881 intron_variant
A/T 48487890 intron_variant
G/A 48488005 intron_variant
A/T 48488029 intron_variant
A/T 48488031 intron_variant
A/T 48488100 intron_variant
G/A 48488167 intron_variant
C/A 48488176 intron_variant
G/C 48488537 3_prime_UTR_variant
T/A 48488579 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_03546.1
MANSKGSSGFRNFMYPGKHALLPPKSPFPSVSQAYSDYVQNPAVGLKGGNRPRDGNPHHQRTSSESLVIEEQPSWLDDLLNEPETPVRRAGHRRSSSDSFAYLDMANASNINYADQDEYKYKSLMSIPSWSSQDFDRSKDARHLPAYVDMNLSKQKNRSWDSFSNAMTNPVGVPSGKDSSAFQSSGLPSTPQEADGLPPTATEKQDSVEPGLQDAKSFSEKKDNSHAKSSSSETDTKRAKQQFAQRSRVRKLQYIAELERNVQALQAEGSEVSAELEFLNQQNLILSMENKALKQRLENIAQEQLIKYLEQEVLEREIGRLRALYQQQQQPQTQPQQQPSSSHRRSNSRDLESQFANLSLKHKDTNSGQDPALRI*


CDS Sequence:
>Vu_03546.1
ATGGCAAATTCAAAGGGCTCATCAGGTTTCAGAAATTTTATGTATCCTGGAAAGCATGCTCTACTGCCTCCTAAAAGTCCGTTTCCTAGTGTTTCCCAAGCGTACTCTGATTATGTCCAAAATCCTGCTGTTGGTTTAAAGGGTGGTAACAGGCCTAGAGACGGAAATCCACACCACCAACGTACATCATCTGAGAGCCTTGTTATAGAGGAGCAGCCTTCTTGGCTTGATGATCTCCTTAATGAGCCAGAAACACCTGTCCGAAGAGCTGGACATCGGCGTTCATCGAGTGATTCGTTTGCGTACCTAGACATGGCTAATGCATCTAACATCAATTATGCTGATCAGGACGAGTATAAATATAAGAGTTTGATGTCTATTCCGTCTTGGTCATCTCAAGACTTTGACCGCAGCAAAGATGCTCGCCATCTACCTGCTTATGTGGATATGAACTTATCTAAACAGAAAAATAGGTCATGGGACTCTTTTTCAAATGCCATGACAAATCCAGTTGGTGTTCCCTCTGGCAAAGACAGTTCAGCTTTTCAGAGTTCAGGATTGCCAAGCACACCACAGGAAGCAGACGGGCTTCCACCTACTGCAACTGAAAAGCAAGATTCAGTAGAACCTGGATTACAGGATGCAAAATCGTTTTCTGAAAAAAAGGACAATTCACATGCAAAGTCATCTTCCTCTGAAACTGATACAAAACGTGCTAAACAGCAATTTGCTCAGCGTTCACGGGTTAGGAAACTTCAATACATAGCTGAGCTGGAAAGAAATGTACAAGCTTTACAGGCAGAAGGATCTGAAGTCTCAGCTGAGCTTGAGTTTCTTAATCAACAGAATCTTATCCTGAGTATGGAGAATAAAGCACTCAAGCAACGTTTAGAAAATATAGCACAAGAGCAGCTTATCAAATATTTGGAGCAGGAAGTACTGGAAAGAGAGATTGGAAGATTACGTGCATTGTATCAGCAGCAGCAGCAGCCACAGACGCAGCCACAACAGCAACCATCTAGTAGTCACAGACGCTCGAACAGCAGAGACCTCGAATCTCAGTTTGCAAACCTTTCTCTAAAACACAAGGATACCAATTCAGGGCAAGACCCTGCTCTCAGAATTTAG


Promoter Sequence:
>Vu_03546::LG1:48481367-48483367(+)
TGTTTCTGATTTTTTCAATTGAGGCTACAGTAGGGATGACAGAGAAAAGATTGGAGTGAGAAAGAGGAAAGAGAAAGGGTTGAGAGGAATGAGAGAGGTGAGTAAGGGTTTGGGGGGTTTCTTTTTTTTTTTTTAGTTTTGAGAATGAAAATTATTAAAATACCTTTAACCTTAAAACTTAGAATCCATGATATATAAGGATATTTTTGTCTACTAAAACCCGGTACACATTGCTAAAATGTACCAACTGAAAAACAGGCGTACGCGCGTTAGCAAACCCCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATGTAATATTATATTATAACTATGTGCTCGTGAGTATTTGAAATGGTATTTTTATTACAAGAATAATAGTATTAATTTTAATAGCGCATTTGATAATATAAGGGATAGTTTGACTTTATTAAGAATTTAGATAACGTATATTAATATATTATATGTGAAAAATGTAAAAAATATTTTGTACATTATAAAATAGTTGCAACAAATTATCCTACATATAAAATGACCAGGATAATTTTCTTAATATAATTATGATGAGTTAAATGTTATTTTCTTAGTGAATATGACAAATTACATATAAAGTATGAATGATATATGTTATATATCACAATATTATGTCATTAACTCATCGTTTATTGATAGAACTATAATTACTATTATTTATAAATAACAAATAATATTACATTTTAAGAATCAATTTTTAACTCATACAAAAATAATTTTCATATTATTTTTAAACAAAAGACAATTTTGTAAAAGAAACAAATTACATATCCAAATTTTCATATTATCGTAACATTTTTTTATCTACCACATCAAAAGTAAATCACTTACAAATTACATATCCAAATTCACTCACTTTCACCTCTAAATTCTATAAAAGAAACAAACACAATTTTACCTTTAATTTTGCTTAATTTTATCTCTTAAATCCATCTATTTAAATAAACATGCTCTTGGATATGTATAGTTAACTCTGTTCTATAACTTTTTCTCTAACTTCTATACTTTTACAGATAAAAAAGATAGTATATTTTTGGTATAAGCTCATGGTCAGAAATAGAATAAATTATATATGGTGGTTTTTTCCTATACTTTCATTTATCCATTTTGAAAATAAACTAGATCTGTCATGTCATTAATTAAAAAAATATTGGGTAAAAAATTGCAATGTACATTTTCATTGAAATAGGTTGGCAGGTCTCACCTCAACATTTATGAGGAACTGAAATTTAGAAGAAAGTTGTTTTTTTATGGAAATTTGTAAAACTTAACTTAATCGATAAATAACACATTTTCCCCTCACAAAAATAGTAAGAAAAACCATGCGATCAGAGACTACCCACCTGTTTCGTATAAAAGAATATACCTTTTAATTTTTCACAAAATTTTCCATTTTCTCAAAAAAAAAAAAAATACACTTCTTGAATTAGTCATAAAATGTAGTTCCTCTTTTGACTTCACACGACCAACATGATAAATTATTTGAAGATTTTGTACACTATATCCAAAAATAAGAACATATCTTTTTATATTGAATTTTGAATAGAATAAACTTTAGATGAAGTTTTACTAAAAAAGGAAAGAATTTTAATGATAATTATTAGGTGAATTAAAATGTGTAATTAGGATTAAGCATTTGTGAGTGAAGTAAGGAAAAGTGAAATAAATTTTGAGTGGAATCTTTGCATGTTGAAGATATTTTTAATAAGAAAATTGGTCTATTTTGCAATGTTTCTGCACAAGTTGGACAGCGATACAACAACCAGTATTATTTTAAAGTGGATGCTTGGTGGGACCAGGTTGGTTTCCAAATAACCTTAATTTAAAGGGGTTAAAACGTTAATATCAAAAGTTTTAGGAACAGTATTTACTTATCATGCTTTTACAATTAAGCCCCATTTC


Gene Sequence:
>Vu_03546(+)
CCCAGCTTCAACAACAAGACACAACAACAGAGAGAAGAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTGGTTGAAGAAACGAACCCTAAGAGAGAGAGGGAGAGAAAAATCTTTGCTTTGATTTCAAGCTCTTTTACCATTGCATTTCGGGATCTCGAATCTTCAATCTGCAAAGGTTTTTTTTTTTTTTTGTTTCCTTTCCTTCTATTCTTTTCCTTTTGGTATTGTTAATTTATTGTTTGCTTGTGGAAACAAATCTGTTGCAATTTTCATTTCCAATTGGTTCGATCAGCTTGGAATCATTGCGCTGTTGATGCCGTAGTGTCGCACATTGCAGCGTGTTGGGTTTTTCAAATGCTAATTTCAATTCGTTATTGATTTTTCTCCTCTCTTGTTTTCCGAATGCATGATTCGGGTTGATTCTGTGGGAAAGGTGAAAAAGTGAAGTTTCTATCTTTGGTTTTCTTCCCTAATCTGGGTCCTGGGGAAATAAAAGTATAATATGGAAAGTTTGACAATTGGGTGCTACGTTTTTTTTTCTTATTTATTTTAATTTGTTGATGTTCAGTTTTTGTTTGTGGATTGGATTTTATTTCATCCAGTTAGTTTCCTGTGGCTGCCTAGTTTTGGAGTATTGTTTCTGACGATTTTTTCTTGGGAATGATGTTTTTGAGTTTTCTGTTACATTGGTAGTGAACTGTTGCGTGGCCTGGCTTGCTAGACGCATGAGTTTGGGTTTAGGTTTGATTTCTTTATTGGAGATAATTAAGATGGTAATGTGTTCAGCAACATGTCAGAGGTGTTAACTTAAAACAACGGTCAATATAATGTGATGGGATTGATGTTTCATGCTGTGCTTGGTACTATTTCATAGGAGATGTATTGCTTATGATGAAAAATGTATAGAATAATTGTGTCGTCATGCCCCTGTACTGTGAGGGAAGGACAAGTTTGCAGTGTTGACCATCTATCTGGAATATTTTAAATGTAATATGAAAACTGAGATTGTCTGTGAGATGTCTGGACAAATTTTAGAATTACATTTTGGTAAATATAAGAAATAGTTGAATCCGTAAAGCTTCTAACATGCAGTGGACTTTTATCCAAGGCTATGTAAGTAGTATCATGGAGATCTGAGATAGTTAGTTCTAAGGATTTTTTACTCAATGAAGTATGTAGATTTACTTATTTATGGTTCTTGACATGACTGAGATGCTTTATTTTCTCTTCCAAAGCTGCCTTAGTCTTGTGGATTCTTTGTTATGCTAGTGCAGTTACTCTGCTGGTGCTGTGAGTACATTTGCATATGAACCAAATTTCAGTGTTTGGAACATTTTTTAGGATACTATACCAGTCGCCTTATAGGGTCTTTTTTACAGAGTAACATGTATTTGTGGTTTATATTTTATATTTTATAATTGAGAAGACATGCATGTCAGATCATCATTGTTGAATAATGGGTTTTGTGTATAAATTTTCATTGCAATATCCTTTCAAATTTTGTTTATGTTGTCTTTATCTTTTAATATATTTACATGAACACATTTTTTTTATTAAATTATAAATTCCACAGGTATTGTTGATTCTGCTTCTATGGCAAATTCAAAGGGCTCATCAGGTTTCAGAAATTTTATGTATCCTGGAAAGCATGCTCTACTGCCTCCTAAAAGTCCGTTTCCTAGTGTTTCCCAAGCGTACTCTGATTATGTCCAAAATCCTGCTGTTGGTTTAAAGGGTGGTAACAGGCCTAGAGACGGAAATCCACACCACCAACGTACATCATCTGAGAGCCTTGTTATAGAGGAGCAGCCTTCTTGGCTTGATGATCTCCTTAATGAGCCAGAAACACCTGTCCGAAGAGCTGGACATCGGCGTTCATCGAGTGATTCGTTTGCGTACCTAGACATGGCTAATGCATCTAACATCAATTATGCTGATCAGGACGAGTATAAATATAAGAGTTTGATGTCTATTCCGTCTTGGTCATCTCAAGACTTTGACCGCAGCAAAGATGCTCGCCATCTACCTGCTTATGTGGATATGAACTTATCTAAACAGAAAAATAGGTCATGGGACTCTTTTTCAAATGCCATGACAAATCCAGTTGGTGTTCCCTCTGGCAAAGACAGTTCAGCTTTTCAGAGTTCAGGATTGCCAAGCACACCACAGGAAGCAGACGGGCTTCCACCTACTGCAACTGAAAAGCAAGATTCAGTAGAACCTGGATTACAGGATGCAAAATCGTTTTCTGAAAAAAAGGACAATTCACATGCAAAGTCATCTTCCTCTGAAACTGATACAAAACGTGCTAAACAGTACGTAGCTGTTTTCTTTGGTTGACTTATGGATATTACAGTGATTGGTTTATTTTATGCCACTGTCAGGGGGGATGCAAGTTTTTCTTTTGCCAAAAGCATGAAGTTGTGTCATGACTATTATGGAACCTTTAAACCTTTACCCGTTATGCCACTGTTATTATACTACTTGTGTGACATATGACATCTTATAACGTACACGGAAGGAAAAAAGATATAATAATTCTTGTTGCACGCAGTAATGTCTGTGATACTAAAGCTTGTTATACTAATTCTCATGTGGAGACAGCAGTTAAACCATGCTTCTCATTATATGCTGGGGGTTGAGTTTGTTTTTCTTTTTGCATTTAATTTTCAGAAGTTTTATGAAACCAATCAATTCATATACGGAAAGGGAAAATATTCTGAAACACTCAAATTGCAGGCAATTTGCTCAGCGTTCACGGGTTAGGAAACTTCAATACATAGCTGAGCTGGAAAGAAATGTACAAGCTTTACAGGTAAGTGTCTTCACAATGCAATATTCTGCATATTTTCAGAGTGACATTTTATTTTATTTTATTTTAAAATGCAGGGAAATATTATTATGTAAGATAGTCTAAAGTTCTGATTCTGTTTCTTTTGATGTTCTCATAGGCAGAAGGATCTGAAGTCTCAGCTGAGCTTGAGTTTCTTAATCAACAGAATCTTATCCTGAGTATGGAGAATAAAGCACTCAAGCAACGTTTAGAAAATATAGCACAAGAGCAGCTTATCAAATATTGTAAGTTTCTATGATATGAGCATTTTTCATTTTAAAGTAAAACAATTTTTTTTTTTTACTTTTTTAACTTGGAAATGTCAATCTGAATACTACGAATTTGGAGGAAGTTGTTTATATATTCTTAAATGCCTCAACAGGTGAAATCTTTGTGAATTCGTGATGCATTGTATTGTATAACATTAATTGAAAAAGAACACATTAGGTTTATCTGAGTTTGATTATATCATATAAGTGACAGGGAAGGAGAAAGTTAATCAGATTCTATTTTCTATGTACCATAGCTTGGTTGCAAGTAGAATTACCGTACTGACATCAAGGAAAGGGAGGTTTGATATTTTTCGGGTGGTAACTCAAGGTTCTTAAAACCATGGTGAAAATATAGTTTCTATGTAGAAAATATTCAAATTAGCTGGATTATAGAGTAGTATGTGTCATTGAATATGACTGGGCTTTGAGCACGGACACTCAACTTGGATTCTATCTTTAATTGAATTTGAAGATAATAGCATACTCATAATAACAAGAATTAAAATAATTTAATTTAAATTTGGAAGCAATTGTGATTGTTATAGTTTAAAATAAAGCATGATTTTATTTAAGTTTGAATTCTAAAAAAAAAAAATTATAACATCTTAAAAAAAATCAACTCATAAGTTGTGTAAAGTATTAAAAAGATTAAGCTAATTGAGAATGGGTTGTGGGAGAATCTTTTACAAAGTAAAAATTTATGATATAGTATATAACAACATTGTGGAATTCTGAAATCATTCTAGTTTAGGAACAATAAGAAGCTAATAGTATTTAATGATTGATTGGTTAATCATATCATAACATATGAGTTAACAACTTCTATAGTTATCTTTTTGTACCTGAAATACTTTCCTGGAAATAATTGAACTTTTTTTAATCAAATTATGTACAAATGGCAACGTATCACTATGTTTCCTCGTAGATTTGATGTTAAGATTTGCTCATACGGGTGTTTAGGTTGGTTCACCAATGTTCAAACTTGCTCTGGATTGAAAATTAAAAATAAATTTGCATAAATTTTCTTATTAAATTTATGATTGTTAGAAAAATGTAGTCCCGAACTTTAACTGCAAATTCATCTACACCAAGTCTCTGAAAGTTTTAAATAGATATGTTCTGACTATCTCTTTTGTCATCAACTTCTTTCATGGAAAGGTTCCTTGTCTGGGCATTGTATTATTGTTTTTTTCTGGATGAAAACAATGCATACTCGATGCTTGTGTTAATTTAACGCATATTTGTTTTCGTATTCATTACATAGTTGACATTTTCATAGAGTTGCTGTATAGCGACATTATGTCTTGTTTGTAATGGGAGTAATGGAGGAAGTTGAATCTTTTACTACCCTACTGTATCTATTTAATAAGATTTGAATTAGCAACGCATACACATATCCATTGTTTTGGACTCCCTCGGGATTGAAATGAGTTCAGATCTTGAGCATTATCTCCAAAAACTAAGATTAAGGGTAGTTTAGGGAATGTGGTTATTTTGTATGAAATCTAGAAAATTAATTGAAATTAAACTATCTTCCTTTGTGTAAAAATAGTTACTTTTTGTTATATTTGAGTTCCTAGAAAGTACCTTTTTATATTAAAGAAATCTGGCGATATAGGTTAGTGATGAAGGTTAAGAATCAATTTTTGATTTCAAGAAAATGCGTGTGCCTCAATCGGCCACCTAAGCTACGGTGTGCCTTGTGGGCAGACTTTTCCTGCATATCAGTATTCAAAATCTATTGGGAAACACTTGTAGCTAAAGCATGATTAGTTTCATTAGATGGCACATGAACATGTTTGTACACTAAAAACTATTCAATGTGAAATTCAGTGGAGCAGGAAGTACTGGAAAGAGAGATTGGAAGATTACGTGCATTGTATCAGCAGCAGCAGCAGCCAC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