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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_03405 LG1 46963751 46970278 PREDICTED: calmodulin-binding transcription activator 3
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
G/T 46965614 downstream_gene_variant
A/T 46966311 intron_variant
T/A 46966353 intron_variant
A/T 46966403 splice_region_variant&intron_variant
C/A 46966404 splice_region_variant&intron_variant
A/T 46966405 splice_acceptor_variant&intron_variant
G/T 46966406 splice_acceptor_variant&intron_variant
G/A 46967845 missense_variant p.Glu488Lys
T/G 46968249 synonymous_variant p.Pro587Pro

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_03405.1
MAEARQYFPPSQLDIKQIIVEAQHRWLRPAEICAILSNYKKFRIAPEPATMPPSGSLFLFDRKVLRYFRKDGHNWRKKKDGKTVREAHERLKAGSVDVLHCYYAHGEEDESFQRRTYWLLEEEHSNIVLVHYRQVKGTKANYTCAKENEESLPCAEQTDKIMLKAEMDTSFSSALHPNSYQVPSQTMDSSMNSAQVSEYEEAESAFNSHASSEFYSFLELQRPVEKIIDQPADSYSPHPLINEQKKLPVIDDMNYISLTQDRKFIDIHNGGLTYESPKPLGFSSWEDILENNGESQHMPFQPLFPEMQPDEMAVNSSFCQGYDIMVPHLTTSIAKLHDNGSLIQAEGSWQGYSVDSLRVSSWPIDNIHSSSTCEVSCSNCEHEVNEVDIQKSLQQSLLHQHKQNKVLMQNDPQEIMLDYLKSDFEASRTLDGIEDPRFTFKRTLLDGSPAEEGLKKLDSFNQWMSKELGDVEESNKPSTSGAYWDTVESESEVGSTTIPSQGHLDTYVLDPSVSNEQLFSIIDYSPSWAFEGSEVKIIISGRFLRSQQEAEQCKWSCMFGEVEVPAVILAKDVLCCHTPLHKAGRVPFYVTCSNRLACSEVREFDFQVNCTQEVNTAGEDRAIVFHTLSRRFGELLSLGHAVPQNSDSISENEKSELRSKISSLLRGEDDVWDKLLELTQEKDISPEDLQEQLLQNLLKDKLHAWLLQKITDDGKGPNVLDEGGQGVLHFAAALGYDWALEPTVVAGVNVNFRDINGWTALHWAAFYGRERTVAFLISLGAAPGLLTDPCPEHPSGRTPADLASTNGHKGIAGYLAESSLSAQLTTLDLNKDVGENSGNKVVQRIQDIAPVNDLDVLSYEQSLKDSLAAVCNATQAAARIHQVFRMQSFQRKQLKEFGDDKFGISDERALSLVKKNGKSHKSGSRDEPVHAAAIRIQNKFRGWKGRKDFLMIRQRIVKIQAHVRGHQVRKNCGKIIWSVGILEKVILRWRRKGSGLRGFKSEANSEVTMIEDVTSSEDHYDVLKEGRKQTEQRLQKALARVKSMIQYPEARDQYHRVLNVVTQIQENQVKHDSSCNNSEEIRDFNNLTDLEALLDEDIFMPTAT*


CDS Sequence:
>Vu_03405.1
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Promoter Sequence:
>Vu_03405::LG1:46961751-46963751(+)
GTGACCAATGGTATGAAAAATATGTAATGAGCTGTCTTACCATCATGTAATAATAAAGATGCAAGAAACATTTAAAACAACTAATCGCTTGATTTTAAAGCAGTAGATGAGACTTTCAAAACAATTGTCTTAATACTTCCATACCAGTAAAGCATCCATATTTTGGTTATAAACAAATTTTTGTTCAAGAATTGATGAGTTCAATAAAGAATAATGGATAACAACCTTTTTTTTTTTATCGTAGTTCAATTCATCAACCAACAACCTATTTTCATATAAGTATGAACACTAGTAAGAATATTAAGGAACATATAGAAAAAAATGTTTTTCAATTTATTATTTTTTAAGGTTTTTGGTAAAAAGAAGTCACAATTCTTTATGAGTTGGATTGATATCTTATTGTGAATCTAGTAAAAAGATCATCAACACATCAAATACAACATTGAACCAAATTCTTTAAGGATTTCCCATTCACATAACTTTTTCTATTTCAGTTAAACAAAACCTCTTCAATTCATCATCCCAATTTGAAGTACTACGATGAGCAAGAATGGTCGATATTTTCAATATAGTATATATATAAACTATATGATTAACCGAGTGACAGTAGAAAAAAAATGGTATTTTTACCAAGAAAACTCAATGTATTTATTCCTTATGCGAAAATAGTTTGTGTAATTGAGTTGTGTGAATATTATCAGTCGAAAAAGGAATATTAGTAGTAGCTAAACTTTTCATAAAGAATAATTGTCCAAGACTCAAATATTGGAAAAAGAATTTCCATTTGAAACAAATCCTACGAATAGTAAGTATTAATCAACACTATAAAGCAGAAGTAGACAACAAGAAGTGTTACAAAGACAAACCCATGATAACGAAAGTGTGTTGGATGATTTATTCTCCACAATTATTCTCTTTCTTAACCCTAAATAGATAATATAAAAAAAAAAAAATCATTACAATTTATGTGTTGATGGTTCTACCCTCTACACGCAAATGCAGACACCTACATCAAAATAACAAAATTAGTAATATGACCTCTTTATGCCATTAAGATTACTATAATGTAAAAAAACAAAATAGATGAGAATTAGTTTACGACAACTATAAGAATATAGTGTTAAATAAGTAAATATATACATGCCCATTTATTTACGTGAAAATGGTTTTAGTTCTATTTTATATATTATAGGCATTTGTTACACCTATTTCGGAAGAAAATCACACAATTCAAAATAAACCATGTTTTAAGGAAAAAGATAAACATATTCTCTTTAACTTATGCGATAAATAATAATGCATTTGTATATAATATAATATAATACATTTGGACAAGTTGTCAATATTTATGAATTTTTACTTATTGAGTTATTCATTCATTTATTATATTTATCTTATTTTGTCTAAAGCATTATATTTTTACACATTAGACAATATATAATATAATCTGGTGAGTACATATGAATATATTAAGTTCCACAATATTTATTTTTAAATGAAATAAATATAAAATAATTGATAAAATTATTCTGTAAAGTGAGTTGGACCATGCTTCTAAAATGGTAAGCCAGGTGGTTCAATACACCACCCTGTGGTGGCCCACCTTTATCAGTTTCTCAAAATCCTACAAGGTTACAGAGACCAATGTGTCATCCCATTTGTCTTAAAATAAAATATTATATTCAAAATTTAATTTTTTTAAGAAATTCAAAATCTAAATTTAGAGCTTTTTCATATATGTAATTTTGAAGATTTTAATGTTGTTAAATAAAAATGTGTTATTTTGTTTTAACTGAGAAACTATTTTTTTGGTATGTTTGTGAAGAGACATGAAAATGACGTCATACAGTGACCGAGTTTGAGCCAAGAAAAAGATGTGAGAAGGTGCGACGAAGAAAGGATAAGCCAAGGATCAGTCAAAGTGGAATCGCTTTTGCGGTTTTGACTTGAACAATATTTTTCTCTCTTTCATTTTCTTCTCTTCTATTCGCTGCGATGCA


Gene Sequence:
>Vu_03405(+)
AATGCAATGCAACACAACACAATAACGCTTTCAGAGTCTAAGACTTCCCGCGTTGAAAACTTTTCCTTTTTCGTTCATTGGTCACAGCCTCTGAACACTCGTTACACTCTCTCTCCGCGTTAAAATTCATTGTGGAACTTTCCCAGTTATTGCAATTTATTATACATACATCACAATATACTACCATCTTTCCTTTTGCTTCTCTTAGATTTAGAAAAAAGGTCCTCTCCTACCTCTTGTTTGCCTTACTGGTCCTAACAAAATTGAAGCTTTGAGCTCAGCTTTGAGCTTTCATGGCTGAGGCCAGACAGTACTTTCCCCCCTCTCAATTGGGTCAGCTTTTCTTCTCTTTGATTCCCCTTTTGTTGCTTGACATTCCAATAATTCAAACTCTGAAGAAAGAAACCCTTTTTAGAAGTACCCATGATAGTGGAGCATTGAAATGCTAACCCTTTATCGCAAAGTTCAAGTTTGTTACTTATTGTTGCTGACTCTATTTTTGAATTTCTATGTTTCTTTATGGGCATAGATATCAAGCAAATTATCGTGGAAGCACAGCATCGATGGCTGCGTCCGGCGGAAATTTGTGCAATTCTCAGCAACTATAAGAAGTTTCGAATTGCTCCAGAACCTGCTACTATGCCACCAAGTATGGTTTCTTTTCTGCCAAGAAGTTGTCTTAGTTTCTTAATAGCTTGATTAGGAGAAAAGGATTTGTAAAATTGTGTTTGGTTTTCTATTTAAGGGGAAGCTGGAGGTTTAGGATTTTAATCTTTTAGAAATTATATCTTATTGGCACTGGGACACTGAAAACTTAACAAAATTATGCGAAATATCACATCCATGTTTCAATAAACTTCTCTGCATGTATGCTCTTGTAGGAGAAGAAAGTAAAAAGGTGAAATTGAAATTCTTCAACTCATGTACATAACTTCTATATAAAAACCCAAGTACATAAGTTAATTTTACCTTTGTGAGAGAAGCTCAATTCATTTATAGAGAAGTTTATTTAAGTAGAACCTAATTGTAATAATGCTCATCGTTAGGTCTTATCGTATTTTTTCCTTGACGTTAGGTGGTTCACTTTTCTTATTTGATCGGAAGGTGCTGAGATACTTCAGAAAGGATGGCCACAACTGGAGGAAGAAAAAAGATGGAAAAACAGTAAGAGAAGCACATGAGAGACTAAAGGTAAAATTATACTGCGTTTAAGTTGCTGTAGGCTTTATTTCTATCGTTGAAGTTAATTACGCTTTAGGAAGTAGAATGTATTGAGAGAATCTTTCTTCTTTGTATATTGTTGCACTGAATGAGGGATAATATGATGCTCTCAGGCTGGAAGTGTGGATGTGTTGCACTGCTATTATGCTCATGGAGAAGAAGATGAGAGTTTTCAGAGACGCACATATTGGCTGCTTGAAGAGTAAGTGTTTATGTTTAATGTTTTCAAAGTTTACTGCAAAAATTTCCCTCTTTATTTATCTTCTTTTGCCTGATTCTGCTCTTTGCATTCTTCTCATTCTCCATCTCATATTAGGTAGTATCCAGAAAGAAGGAACATTTTCTTTTAATGTGTTTGTTCTTTCTCGAGGATGCTATGCTTTAACCTATAATTAATAAGATAGAACAGTGCATGTTGCTCCATTTTATTGGTTTAAACTAATTATAATAGGCTTCTAGAAATTTCTCATTTATTTTCTATGGTTTTTGTCTATGGATGGGCCTTCCCTTCTCACCCTTTTTTGTTCAACGCTGTTGCAGGGAACACTCTAACATTGTTCTAGTTCATTATCGACAAGTGAAGGTAACAGGTTAAGATTTTATTAGTATTTCTTTCCTAGTTGTCATTTGATAATAACTCGAGGAATAGCTACTTCTACATTTCCAGTTCCATTAATAGAATAACGAACTAGTAAAATATAATTGGGTTGCTAAAATATGTATGAAGTAGGAAAGTAAAACATGGAAATTCCATCATAACTTTAGCATTATGTTACTAGATTTTCCCAAACAAAGCTGCCACCGTTTTCTTAAGTTGCTCTGAGAAATTTCAGCATCATACTATTTTTTTCGATATTAGAAACTATAATTTTGTAACATAATTTCTGTCTAAGACTATGTACAATTCTCTCTTCCCTCATCAAGGATGTTGACTCTATACTTTGATTCTTTTAGGAGTAAATTTTCTGAAGCATGTAATGGAATATAATCGTGATATGCTATGTCTTCCCATCTATGAATAATTTCATTTTGGGCTGTCATTCCTTTCACTCAACTGTCTTGTTCAAAATAATTAGGGAACCAAGGCAAATTATACGTGTGCTAAAGAAAATGAAGAATCTCTTCCTTGTGCTGAACAAACTGACAAAATTATGCTCAAAGCAGAGATGGACACTTCTTTTTCGTCCGCTCTTCATCCAAACAGTTACCAGGTTCCTTCACAAACTATGGATTCAAGCATGAACAGTGCTCAAGTATCAGAATATGAGGAAGCTGAATCTGGTACTTCTTTTGCTGCACATTAATAATTAAAATGTTCTGTTTTCAGTTTTTCATATCTAGATGACATTTATAGTAACCTTTGTTAAGCCTTTGTCCCCCGTTGTCACTTTTTCTTGTGTATTAATTTTTTTTTAAATTGATGTAATTTTTACAGCATTCAATAGCCATGCAAGTTCTGAGTTTTATTCTTTCCTTGAGTTACAACGCCCTGTTGAGAAGATTATAGATCAACCTGCTGATTCTTATTCTCCTCACCCACTCATAAGTAAGTTTCTTCATTCTAAATTGTTAGTTTAACTTCTATGCTTTGTCACTATAAATTTACACCATAGCGCAGTCTTACATTCATATCAATTGAAGAGTATAGCTTTTGAGGTAATTATAGGAATCAGAGTTCTCAAAATATAGCTTTTGAGGTAATTATAGGAATCAGAGTTCTCAAAATCAAATACCTTGTTCATATTTTTATACATACTGGCCTTTTGATCAGTAAAGTCCATAACTAACATAAGTTTTTCTATTGAAACTGGGACAGATGAGCAAAAGAAGTTACCTGTCATTGATGATATGAATTATATCTCACTCACCCAAGACAGAAAATTCATAGACATTCATAATGGTGGATTGACATATGAATCCCCAAAACCCCTGGGATTTTCCTCATGGGAAGATATCTTAGAAAATAATGGTGAAAGTCAACACATGCCTTTTCAGCCTTTATTTCCTGAAATGCAACCTGATGAAATGGCAGTCAATAGCAGTTTTTGTCAAGGATATGACATAATGGTGCCACATTTGACCACCAGCATTGCTAAGCTGCATGACAATGGAAGTCTCATACAAGCTGAAGGAAGTTGGCAGGTATTGTGTACTGGTACTATTGGTACTTCATTTGCATGGAGCACTTTTTGCAATATTTTTATGTTGCATGATAAGGAGCTTTGAAATGGTATTGTAGCTTTTGTCAAAAGTAAAAAGACTTGAAACTAATGTGTCACAACAAAATGATATTGGTATGATGCTGCAAATGTTTTTGATTTTTGAATTACCTGTTTCATGTTTCTGTGGGAAAAATATATAATCAAGCAACTGATTTTGCTTTATGACCGATAACATGTTACTTAACTTTTATTTCTTTCCTTCAAACTCATTTAATTGATTAAAGTCTAATCTGTTAACAGGGATATAGTGTTGATTCTTTACGTGTGTCCAGTTGGCCTATAGATAATATCCATTCAAGCTCAACATGTGAGGTTAGTTGTAGCAACTGTGAGCATGAAGTTAATGAAGTTGATATTCAGAAATCCTTGCAACAGTCTCTTCTCCATCAACACAAACAAAACAAGGTTCTCATGCAAAATGATCCTCAAGAGATAATGCTTGATTATCTAAAATCAGATTTTGAGGCCAGTAGAACCCTGGATGGAATAGAAGACCCACGTTTCACTTTTAAAAGGACTCTGTTAGATGGATCCCCAGCAGAAGAGGGTCTGAAGAAGCTTGATAGTTTCAACCAATGGATGAGTAAAGAGCTTGGAGATGTGGAAGAATCAAATAAACCATCTACTTCTGGTGCTTATTGGGATACAGTTGAAAGTGAAAGTGAGGTTGGCAGCACAACTATTCCTTCCCAAGGGCACCTAGACACCTATGTATTGGATCCATCTGTTTCCAATGAGCAGCTTTTTAGCATTATTGACTATTCACCAAGCTGGGCATTTGAAGGGTCAGAAGTTAAGGTATTCTCTTTCGATATGCTCATGGAATTGTTCTAGTTTCCTTTTTACTCATCTGTCAGTTATTCTGATTATTTATTTCTTCACTTGTGAAAAAAAAATGTATAGATTATCATTTCTGGACGATTCTTAAGAAGCCAACAAGAAGCAGAACAATGTAAATGGTCATGCATGTTTGGTGAGGTAGAAGTGCCAGCAGTGATACTTGCAAAAGATGTTCTTTGCTGTCATACTCCTCTGCACAAGGCTGGGAGGGTACCTTTCTATGTAACTTGTTCCAATAGGTTAGCATGCAGTGAAGTCCGAGAATTTGATTTCCAGGTCAACTGTACTCAAGAAGTCAACACTGCAGGTGAGGATAGAGCCATCGTTTTTCATACTCTTAGTAGACGATTTGGAGAACTGTTGTCCCTGGGGCATGCCGTTCCTCAGAATTCAGATTCAATCAGCGAAAATGAGAAATCTGAACTGAGAAGTAAAATCAGTTCTTTGCTAAGGGGGGAGGATGATGTTTGGGACAAGCTACTGGAACTTACTCAAGAGAAAGATATTTCTCCAGAAGATTTACAGGAGCAGCTGCTTCAAAATCTTCTAAAAGATAAGTTGCACGCATGGCTCCTTCAGAAAATTACAGACGATGGAAAAGGCCCCAATGTATTGGATGAGGGTGGCCAAGGTGTGCTTCATTTTGCTGCTGCTCTTGGCTACGATTGGGCACTAGAACCCACAGTAGTTGCTGGTGTGAATGTGAACTTTCGTGACATAAATGGATGGACTGCTCTTCATTGGGCAGCATTTTATGGCAGGTGAGCACCTCAGTGCTTGCAGTATGAAGCACATTTCGTAAAAATTGAATTTTTAGTTCATCGTATTAATCTAGCACGATATACCTTACATTAACTTAATGCTTTGAATTTTATTTTCATTTTCTTGTGTATTACTTCATCAGGGAGCGCACGGTTGCTTTCCTCATATCCCTTGGCGCAGCACCTGGATTACTGACTGACCCATGTCCAGAACATCCTTCTGGTAGAACACCGGCTGATCTAGCTTCTACAAACGGGCATAAAGGAATTGCAGGGTATCTCGCAGAATCTTCACTAAGTGCACAGCTCACTACTCTTGATTTGAACAAGGATGTGGGAGAAAATTCGGGAAACAAAGTGGTCCAAAGAATCCAAGACATTGCCCCAGTTAATGATCTTGATGTTCTATCATATGAACAGTCACTGAAAGATTCATTGGCTGCAGTGTGCAATGCCACCCAAGCTGCGGCTCGTATTCATCAAGTCTTCAGAATGCAATCATTCCAGAGAAAGCAGCTGAAGGAATTTGGTGATGACAAATTTGGAATATCTGACGAACGTGCTCTTTCACTTGTAAAAAAGAATGGGAAATCACACAAGTCTGGATCACGCGATGAGCCGGTCCATGCTGCTGCAATACGTATCCAGAACAAATTCCGCGGTTGGAAAGGCAGAAAAGATTTTTTGATGATTCGACAACGTATAGTAAAAATTCAGGTACATTTTGTGTGGAAATGAATAGAATTTATTATGGTTTTGATTTTATTAGATCCAATTTACAAGTGTCTATTTTATAGGCTCACGTGAGAGGACACCAGGTTAGGAAAAATTGTGGGAAGATAATTTGGTCTGTTGGGATATTGGAGAAAGTTATTTTGCGTTGGCGTCGAAAAGGTAGTGGTTTGCGAGGATTTAAATCAGAGGCCAATTCTGAAGTAACTATGATAGAAGATGTAACATCCTCTGAGGATCACTATGATGTCTTAAAAGAAGGCAGGAAGCAAACAGAGCAAAGATTGCAGAAAGCCCTGGCCAGGGTGAAGTCAATGATTCAGTATCCAGAGGCAAGGGACCAATACCATAGGGTGTTGAATGTAGTAACTCAGATCCAAGAAAATCAGGTATTTTACCCCTTTTCTCTCATCGCTAATTTTAATGATATTCACACCATGTAGTGTTTGTTTTGCAGGTAAAGCATGATAGCAGTTGTAACAATTCAGAAGAAATAAGAGACTTCAATAACCTCACTGACCTTGAAGCACTGTTGGACGAAGATATTTTCATGCCTACAGCAACTTAGAAGTTAGATTTCATCGTCACTTGTGTGGCTTATAATTTAACAGCACAGTCAGGTCATGAACCGTCTTATGTTGATCGTTATAGTAATATTAATTCTAATTCTTTTTAAAGTATCACTTGCTAACATTTAAGAGAAAAATGTGTAACCAACCTTAGAACTACGAAAAAGACAATCCTTTTCTCTC

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