Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_03238 LG1 45218147 45222882 PREDICTED: NAC domain-containing protein 104-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, shoot system development, xylem development, system development, shoot system development, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, system development, regulation of programmed cell death, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of programmed cell death
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   DNA binding, DNA-binding transcription factor activity
SNP Position Effect Amino acid change
A/C 45218233 synonymous_variant p.Pro29Pro
G/T 45218290 missense_variant p.Gln48His
A/G,* 45218320 downstream_gene_variant
T/A 45218327 downstream_gene_variant
C/T 45218582 downstream_gene_variant
G/A 45218664 missense_variant p.Gly76Arg
C/T 45218692 missense_variant p.Thr85Ile
A/G 45218712 missense_variant p.Ile92Val
T/C 45218918 downstream_gene_variant
T/A 45218957 downstream_gene_variant
A/C 45218959 downstream_gene_variant
A/T 45218963 downstream_gene_variant
C/A 45218967 downstream_gene_variant
G/T 45218968 downstream_gene_variant
C/T 45218980 downstream_gene_variant
T/C 45218981 downstream_gene_variant
G/C 45219025 downstream_gene_variant
A/C 45219041 downstream_gene_variant
A/G 45219073 splice_region_variant&intron_variant
T/A 45219388 downstream_gene_variant
C/A 45219600 downstream_gene_variant
C/T 45219612 downstream_gene_variant
C/A 45219614 downstream_gene_variant
G/A 45219616 downstream_gene_variant
A/T 45219626 downstream_gene_variant
G/T 45219627 downstream_gene_variant
T/C 45219642 downstream_gene_variant
A/G 45219995 intron_variant
T/C 45220013 intron_variant
A/T 45220088 intron_variant
T/C 45220363 intron_variant
G/T 45221332 intron_variant
T/A 45221479 synonymous_variant p.Arg313Arg
G/C 45221561 intron_variant
T/C 45221596 intron_variant
G/A 45221609 intron_variant
G/A 45221741 intron_variant
C/G 45221745 intron_variant
C/G 45222443 downstream_gene_variant
A/G 45222536 downstream_gene_variant
C/T 45222586 downstream_gene_variant
T/A 45222591 downstream_gene_variant
T/A 45222642 downstream_gene_variant
A/T 45222673 downstream_gene_variant
A/T 45222674 downstream_gene_variant
A/T 45222820 synonymous_variant p.Ala416Ala
C/T 45222842 stop_gained p.Arg424*

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_03238.1
MMACGSVNLPPGFCFSPTDEELLLHFLYPKTSLPCHPNIIPDLDLSLQDPWHLNGKALSSGNQHYFFSRAKENRSTENGYWKEIGLTEAIVSSASEKVGLKKYLVFNLGEAPQGTETSWFMQEYHICSSSFTTASCGTTRGRRKSDQCRSKWVLCKAYEKKSCEGQQGVNCEKDENDSGTELSWLDEFYIIISPTEEQNIGHRFSQWNTFSLILFVTLFQTLTPNSSSSPPNYTFRHYAASDSHRAHVEAALRPEGWRWIPRQNPTTQFPTDFGLVAIDDSGVVDEIRKLGSVKNVSLDLIKVMSLVLVVLFSSRDMSTWELPHGYGCVRPGLVGYGRGIMGSKVSANCKRLSGTSVTGFVVIGVVCLLVSVIPEPERKSILNQASMKQALVEGAGPNMYEQGAGRVDIGLEIQLPKCSSDKSSVSMQSRMKPEESEM*


CDS Sequence:
>Vu_03238.1
ATGATGGCTTGTGGGAGTGTAAACCTTCCTCCTGGCTTTTGCTTCTCTCCAACTGATGAAGAACTTCTCCTTCACTTTCTTTATCCAAAAACCTCTCTGCCATGCCATCCCAACATCATTCCAGACCTTGACCTCTCTCTGCAGGATCCATGGCACTTAAATGGTAAAGCGTTGTCAAGTGGAAATCAACACTATTTCTTCAGCAGAGCGAAGGAAAACAGATCCACGGAAAATGGGTATTGGAAGGAAATAGGACTGACAGAAGCAATAGTATCATCTGCATCTGAAAAAGTGGGGTTGAAGAAGTACCTTGTGTTCAACCTTGGTGAAGCTCCACAAGGCACTGAAACAAGTTGGTTCATGCAAGAGTATCATATTTGCTCATCCAGTTTTACCACTGCATCTTGTGGAACTACTCGAGGAAGAAGAAAATCTGATCAGTGTAGGAGTAAATGGGTTTTGTGCAAAGCCTATGAGAAGAAAAGTTGTGAAGGGCAACAAGGTGTAAATTGTGAGAAGGATGAGAATGACAGTGGAACTGAGCTTTCATGGCTAGATGAATTTTATATTATAATCTCTCCAACTGAAGAGCAGAACATTGGCCACCGTTTCTCACAATGGAACACCTTTTCCCTCATTCTCTTCGTAACACTCTTCCAAACACTGACCCCCAATTCCTCTTCTTCTCCTCCCAATTACACCTTCCGCCACTACGCTGCTTCCGACAGCCACCGCGCCCACGTTGAAGCCGCCCTCCGCCCCGAGGGATGGCGCTGGATCCCGCGGCAGAACCCGACGACGCAGTTCCCCACTGATTTCGGGCTGGTGGCCATCGACGATTCCGGGGTGGTAGACGAGATTCGGAAACTGGGGTCGGTTAAAAATGTGAGCTTGGACCTGATCAAAGTGATGTCATTGGTGTTGGTGGTATTGTTTTCCTCACGTGACATGAGTACCTGGGAGCTTCCTCATGGTTATGGCTGCGTAAGGCCAGGCCTGGTTGGATATGGACGGGGCATTATGGGATCAAAAGTTAGTGCAAACTGTAAACGCTTGTCAGGAACTAGTGTTACAGGTTTTGTAGTTATTGGTGTTGTATGTTTGCTTGTCAGCGTCATTCCTGAACCTGAGAGAAAAAGTATCTTAAACCAAGCGAGCATGAAACAAGCATTGGTTGAGGGTGCTGGGCCTAACATGTATGAGCAGGGTGCTGGCAGAGTTGATATAGGACTTGAAATACAGTTGCCAAAATGCAGTTCAGACAAAAGCTCAGTTTCGATGCAAAGCAGAATGAAACCAGAAGAGAGTGAAATGTAG


Promoter Sequence:
>Vu_03238::LG1:45216147-45218147(+)
GATGCTTTTTATGTTCATATTGCTAAGTAGAATTTCCATTCACACATATATATGGTTTGCATTTGTTGGCTATGGTTAAAGTAATAAAATCAGAGTTAAATAAAAAACTTTGTTTATGAACAGACATAGTGGCAGCAAAAGGTAATGACCTACCAAGCACTGCATGACGCAAGATCTCATAAAGTTTTATCCTTTAGTGAAACGTAATGATGGTTAATGAATCAGATACTAAGAGCCACAAAAACATCCACCATAATGCAACAGAATTATTTGTGTCTGTTATATTTGTCTCACTAAGTAGCGTACCAGAATAACGTTAATTTGGTAGAATCAATGTTGCCAAAAATAGATGAAGAGGACAAGTACCAGGAACCAAAGGTGCTTCTTTTCATAATTAAGAAGCGGAAAATAAGGGCAGAAAAATGAAGAAAAGAGACTTTATTTTTAAATGTACTGTGAATTTGTGAACAATGCAATGCCTCTAATTAAGCATTCAGAGTCTTTAATTAGCACGTAATTTAATCCTCCTCTAACGGTGCAGATTGCAATAATTAAAAATTCAAATGGGTTGCCTTTAACATTTTGAATGATTTTATCTTTTTGGGGTGTGAGGATGAACTTCCATGGTTAGGGTTAAAATGATTCATGCCTGGGTGAAGGTGAGCAAGAACACTTATGACACATGCTATTCAAACCATGTAAAGAACACATTTTTAGATGTCATTGCCCCACCATTCACCATATACCAGTGCTTACTAGATAATTATAATTAAAGTTGCTAATTAATAACCATATTGATCATGCCCATCTCTATCCACTACTTAATTATTTATACCATAAGAGTGGATACATATCCAAATCAATTCAATCCAAATAAAAATCAATTTAGGTTTAAAAAATCAAAATTTTAACGTTAATCAATTTAATTATCTCTACTAGTATGAACTCAACCCACTCGTGTCCAACCTTGATTACATGTGAATAAGTAAGTAAAAGGTTGGCCAAACATTTTTTTTTTGTGCAGTAAATTTTAAAAATTACTTTCACTATGGTTTAAGTGAGAAGTCAAAAAGTAAAGCCGAAATTATATGCACATGACACTCCAACTTTGACTAGTCCCACTATTTGTTAGGAATATCCACTTTTCAAAATATATTTCCTTTTTCATTTTACTTTGAGACTAATTTAAATCTTGGAACATCTTTCTAGATAGAGTAATTCTTATCACATATAATCTTGTCATCCATGGAAGTAACTAGATTCGAAACAAATGTTCAAATATTCTGCATTAATTGAATAGATAATTAAGAAAGCGAAATTAAGGTGTTGGTGATGGATTGTGGTAGCAAGTGGGAGGAAACTAGAATTGACAGTTAAAAAAAAAGGAGGAAACATGCATCATGCAGATAAGGCAGGTCTTAATATTCCCCCAGTGCTTATCCTTGCTAACTCAAATAATTATGCACAATAATGTGATGTTAAATTATGATTCACAGTACAAAATTTAAAGTTCAATGTTATACATCGAATGAAATCGAGAAAATTGAATATTTTACTTCTCATAATTAAGATTTAAGTGTTTATCGATTATTTCATTAAGTTACAGTCAAATGACACTTTAACTATAATATTTTTAAGTAAAAAGAATTATTATCTGATTATCAATTATAGTTTTTGACATAATAATGATAAACACTAAATCTAACAGAAATAATTTTAAGATTTTGAATTAAAAGTAATATGACTCTATTATATGAAATTTAACTCAAATATCTCTTCCATAAATTAAAAACCTAAAACTTACAAATTAGAACATAAGAGAGAGCTTCTTTTTGTTAGGTAATTTTCTTTAACCCCTACTTAATTTCTTTAGGCAACGCCGACTTTCAGAATTATAATCAGGCAAAATCTCTTTCTTACTTTAATTAACAATATATAGTATATACTTTGAGAAACTTGACCTAATGCTGAAGTCCTCCACATAAACTAAAATAACGAAA


Gene Sequence:
>Vu_03238(+)
ATGATGGCTTGTGGGAGTGTAAACCTTCCTCCTGGCTTTTGCTTCTCTCCAACTGATGAAGAACTTCTCCTTCACTTTCTTTATCCAAAAACCTCTCTGCCATGCCATCCCAACATCATTCCAGACCTTGACCTCTCTCTGCAGGATCCATGGCACTTAAATGGTATGTCTCTATATACTTCATTTCAACATCTAATAACTTGTTCAATCATATGCATGCATGTATGGATCCAACTTCATGTCATGTTACTATAACCAGTCTAGTTCAGATGCCTGAACAACATCATCAACATGTCTGAGTTGTGGTAACTTCTCATATACAAGTTTCACTTGTTCTTTTTAGTAAAAACCAAAACCATATGACCCAGAATGAAAACAAAAAATCATATATATTTGTTTGGTGTTTATATTTACTATACCTACATGTTTGTTGTACATTTTATATATATTCAGGTAAAGCGTTGTCAAGTGGAAATCAACACTATTTCTTCAGCAGAGCGAAGGAAAACAGATCCACGGAAAATGGGTATTGGAAGGAAATAGGACTGACAGAAGCAATAGTATCATCTGCATCTGAAAAAGTGGGGTTGAAGAAGTACCTTGTGTTCAACCTTGGTGAAGCTCCACAAGGCACTGAAACAAGTTGGTTCATGCAAGAGTATCATATTTGCTCATCCAGTTTTACCACTGCATCTTGTGGAACTACTCGAGGAAGAAGAAAATCTGTAAGCAATTAATTATTAATCATAGTATATTATATTTATTGAAAATTCATCATAGTCTAAATCGAAAGAAAATGAGAAAATTGTATTAGAAATTCCGTGCCGATAAGACTAGTTTATAGTATATAAACGAGGGTAAACATGTTAGAATCTATTGAAACAAAATTTGTGTAAACATGATGATTAGTTTTGTGATAATGTTGAATGCAGGATCAGTGTAGGAGTAAATGGGTTTTGTGCAAAGCCTATGAGAAGAAAAGTTGTGAAGGGCAACAAGGTGTAAATTGTGAGAAGGATGAGAATGACAGTGGAACTGAGCTTTCATGGCTAGATGAATTTTATATGTCATTAGATGATGACCTTGAAGAAGTTATGAGCCTTCCAAATTAGATTAAATTTTGAATAACGTATGTTAGGATATTAATCTATCTGCATGCCAGAATTTTAATTATATACAATTACTTGTATTTTTAATGGCAGATTACGGATTCTGTAGTTAATTAATTAGGTAATGGCTTTTTTGTTCCCACTTTTCAGACGTCCTTGTGCATCAAAGAGAATATACTTTGCTTGTCAAATGCAGCTTATATAGTTTTCAATCTTTTTCTTTTGTTTGTTTCCAAACTTCTTTTATATACGGTTGCTTTCATCTTTGTACTATACATACACATATATATACATGTATACTTACAGTTTATACAGTTTACAGAGAATCATACATACGTGGGTCCCACCACTGGCCACTCTGTTATAAATAAGCGTTGTCTCTTTATTATTCGAATGCACTTTTCATTGTCCCATAAAGAATGAAATGTTTGGAATAAATTAATTAACTGATCTCGTTATTCAACCTTAATGAAATAATTTGAATTATATCTCTTGATTAAAATAATTTGGATTATATATATTAAATTGAATGCGTAATTCTGTATCAAAATTGAACTACTCCAATTTAAAATAGTCCGGATTTTCGTTAAAATGTGATTTGAAACAAACACAAAAATTAAAATTAGATTTAATTTTAATTTAATGTTAAGTTCAAACCAAATCAAACTGCCATTTTTGTGATTCAGATTAATTTTTGTGATTTTTTTATTATTTTAAATGAGCTAACCATTTTAAAATGAAATTTGTCAAAGAGACATGTGAATTTTTCTATATAACTTTCATGGTTATAATATTTTTCAAATTCATAAATGAATTATATAATCTTTCAATTAAAAAATACAATACAGATTGCTATCTTGTTTTTGCTAAATATAATTATATTGTAAGTACAATACAATCAAATCGAAGGAAATATTCCTTAATTATAATTGTCGGTGTGGTAGGATTTTAAATATCTAGTTTAAAAATTGTGTGCCATTGAATGATTTTTATACATTAACGTAGAGGAAAATTTGAAAAACTAGTTCAAAACCAATTCAAAATTTTGAAACTGATTATATGAGCAACAGGATTATAACATATTTTTTCTTTTGACATATAGTATAATGATAAAATAGTTATAAAAATATAAATTTTTATATTTAAAAAAAATAAAGAAAGATAAGGTTAAATAGATGTAAAAAATTTAAGTTTGTTAAAAAAGTTGATGGAGAAAAAGTATCATCAACTAAGGTTAGTAGTTAAAACCTATTAGCATAATATTAGGTAAATTAACCATAATCTAAACGAAGAATGTACAATATAATTATATGATATTTAATAATCTTAATTACATGTATTTGATTAACTTAATTACATACTAATTGGCTTAATTTTAACAAGAATATGGATTATTGCAGTATAATCTCTCCAACTGAAGAGCAGAACATTGGCCACCGTTTCTCACAATGGAACACCTTTTCCCTCATTCTCTTCGTAACACTCTTCCAAACACTGACCCCCAATTCCTCTTCTTCTCCTCCCAATTACACCTTCCGCCACTACGCTGCTTCCGACAGCCACCGCGCCCACGTTGAAGCCGCCCTCCGCCCCGAGGGATGGCGCTGGATCCCGCGGCAGAACCCGACGACGCAGTTCCCCACTGATTTCGGGCTGGTGGCCATCGACGATTCCGGGGTGGTAGACGAGATTCGGAAACTGGGGTCGGTTAAAAATGTGAGCTTGGACGTGAGCTGCAAGAGGGGTTGATGACGAAGGATCATAGACTCGACAAGAAGGATTACTTGGATAAAATTGAGCTTAGGTGGACGTGATTACTTAAATTTCTTGTGCTATGTGTTTCTGCTCACTAATTCAAGAGTATTACTAGTTTCTGTATTTTTCTTATTCCGAAGTAGAAATTTAAGATATGTTACTTGTGAAAATATGATGGTATTATTTGGTGAATGGTTATAAGATGACATGTTAGTTTCTCTGCTGTAACTCTTATATTTAAAGAAACCGTTATTTGTTTCTGGTACTTGTATGTAATAATAATTATTTCTTTCCCATAGTATATAAATGTCCTTTTATAGAGGTTTATGATAACAGATACGGGAGATAACAACAAATAATATAATCATGGTTTCTGAAAATGGAAATGATGGACCACTTTATGGAACTTTGAACAATCCAGCTGATCAAAGTGATGTCATTGGTGTTGGTGGTATTGTTTTCCTCACGTGACATGAGTACCTGGGAGCTTCCTCATGGGTAACATCCTCGTATTTGTTTATATTTCATTGTTTCTTCTTCACTGTCATTTGTTAAATATTTCTGATGATGACTTCTGTATTTTTTTCCCTAGCTTTTTGCTTATGCAAATACTTTTAGTGAGTGAAGAATGTATATTTGAGTTCAAACACCTAATTACCCATATTTAGTTGTGAGGCATACCACTTGCAATTTCTAGCGATCCTATGTAAAGAATTGATGAGCTTTCAGTGAAGCTTCGGTCATTGTACAATGCATGTTAGATGTTTAACAAACATGAAAATATTTTTTATTTAATACATGAGTTATTCTTGTCCTCTGTTTTTCTATTCCGTAACATCTTTAATTTCTATGCAAGTTTGCTTTCTTGTTAATAACTTTTTTAAAATTATATTGACATCTTTACCTTGCAGTTATGGCTGCGTAAGGCCAGGCCTGGTTGGATATGGACGGGGCATTATGGGATCAAAAGTTAGTGCAAACTGTAAACGCTTGTCAGGAACTAGTGTTACAGGTTTTGTAGTTATTGGTGTTGTATGTTTGCTTGTCAGCGTCATTCCTGAACCTGAGAGAAAAAGTATCTTAAACCAAGCGAGCATGAAACAAGCATTGGTTGAGGGTGCTGGGCCTAACATGTATGAGCAGGGTGCTGGCAGAGTTGATATGTATGTTCTCTTGTTTTACCTTTCTATTTTATTTGGTTTTAAGATATATCTTAATGGGACAGACAATTTACCATAGCAAAGCAATGGTTGCAGAGTTATTCTTTCTATGATAGTGCTCAGCATTTTAGGAACCATGCTGGGAAATGAATTAGCATGAGTGTATGTATATATACATTCATAATCGATTGGTCAAACCACATAATTGTAGGCATATATGCAAGGTTAAGGAACTTGAGAGTCTGCGTAGACTTGTGGAGGTTTCATAGACTCAGCTTGTGGACTTGTAAGAGTCTACTTCATATGAAAAAGAAATAATACTTGTAAATATATACTAATTCAATACCATAATTAACAAAAATAAAACAATAATTCTGCAAACTTTAGTGAATAAAATTCCAAAGTAAATCAACAACCAAGTCTCATCATAGAGGTTTATCTGGACTTAAAATGCAAGAACAGAACTCCAAATTTTTTTATAAGAACAGAAAGGAAAAGAAGAAAAAAAATTATAAAGTACGTAACAAAATCAAAGGGAGAATGTGCTTACGTCTTTGTAGAGCAGAGGAGACAAAAATAATGGCAGATTGCATGTTGCCTGAGGACTCATGTGCGATGCAGAGGACTTGAAATACAGTTGCCAAAATGCAGTTCAGACAAAAGCTCAGTTTCGATGCAAAGCAGAATGAAACCAGAAGAGAGTGAAATGTAG