People Important Links Contact Us
Chickpea portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Menu

Genetic Resources

Genomic Resources

Agronomic Practice

Publications

Nutrition

Social Resources
  • Maps
  • Gene Families
  • Gene Search
  • MARKERs  
    • SSRs
    • SNPs
  • JBrowse
  • Download

Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_01352 LG1 16184105 16187309 PREDICTED: uncharacterized protein LOC108337036
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/G 16184740 missense_variant p.Leu376Ser
T/C,* 16185528 upstream_gene_variant
A/G 16185620 upstream_gene_variant
C/T 16185631 upstream_gene_variant
A/G 16185636 upstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_01352.1
MVSSAGTFEAGFFQFENSQDQYFCIWYKNISPKTTVWVANRDAPVKNSTAFFTLTEQGVPVILDASGSVVWSSNSSRTAKKPVMQLLDSGNLVVQDGDSTKDLLWESFDYPGDTFLAGMKLRTNFVTGPFRFLTSWRNTEDPGFGEFSYHIDAHGYPQLVTTSGELLISRGGSWTGYAFTGVSWRRMLRLVNFSLEINDKEIIYQYRTLEAETITRFRKYTGMKLPDTSSSWYNDSLSLEKCEDLCLKNCSCTAYANIDPSGGGCLLWFGDITDLSTHTDQGQDIYMRLEASELVYSSDHGGSNQSLNSKNIAGIIVSIVFLVVVLGLATFTYMKRKKLSKRGEFMENGYMPEYALHGHFSIKSDVFSFGVMVMEIISGKKNRNFHDSEHQLNLLSHAWRLWIEEKPVELIDEVLDYPTTPLEVLRCIHVGLPEPSPPGFYTGTTQFPIQAESSSRSCGDRSQNEVTMSLLQPR*


CDS Sequence:
>Vu_01352.1
ATGGTTTCTTCTGCTGGAACTTTTGAAGCTGGATTCTTTCAGTTTGAAAATTCACAAGATCAATACTTTTGTATATGGTACAAGAACATATCACCAAAGACTACTGTGTGGGTGGCCAACAGAGATGCCCCAGTGAAAAACTCAACAGCCTTTTTCACATTAACAGAACAAGGAGTTCCTGTTATTCTTGATGCCTCAGGGAGTGTTGTGTGGTCCTCCAATTCATCAAGAACTGCTAAGAAACCAGTCATGCAGCTTCTAGACTCGGGAAATCTTGTTGTGCAAGATGGAGACAGCACAAAAGACCTTTTGTGGGAAAGTTTTGATTACCCTGGTGACACTTTCCTTGCAGGAATGAAACTTCGTACAAACTTTGTGACTGGTCCTTTTAGGTTTCTCACATCTTGGAGAAACACAGAAGATCCTGGCTTTGGTGAGTTTTCGTATCACATAGATGCTCATGGCTATCCTCAACTGGTTACTACAAGCGGAGAACTTTTGATCAGTAGAGGAGGGTCATGGACCGGCTATGCTTTCACTGGAGTTTCATGGAGAAGAATGCTCAGACTCGTAAATTTTTCGCTTGAGATTAACGACAAGGAAATCATTTACCAATACAGGACCTTAGAGGCTGAAACTATTACTAGGTTTAGGAAGTACACCGGAATGAAGTTGCCAGACACTTCTTCTTCTTGGTATAACGACAGTTTGAGCCTCGAGAAGTGTGAGGATTTGTGTTTGAAAAACTGTTCTTGCACAGCATACGCAAATATAGATCCCAGTGGGGGAGGGTGCTTGCTTTGGTTTGGTGACATTACTGACTTGAGTACACACACAGACCAAGGACAAGATATTTACATGAGACTTGAAGCTTCAGAGTTAGTTTATTCCTCAGATCATGGAGGGAGTAATCAGAGCCTCAATAGCAAGAATATTGCAGGGATAATAGTAAGCATTGTATTCTTGGTCGTGGTACTTGGATTGGCTACATTCACATATATGAAGAGGAAGAAGCTCTCGAAGAGAGGTGAGTTTATGGAAAATGGTTATATGCCTGAATATGCTCTCCATGGACATTTCTCAATCAAATCTGATGTATTTAGCTTTGGTGTGATGGTAATGGAGATAATTAGTGGGAAAAAGAATCGCAATTTTCATGACTCTGAGCATCAGCTTAATCTTCTTAGTCATGCATGGAGATTGTGGATTGAAGAAAAGCCAGTGGAGCTAATAGATGAGGTATTAGATTATCCAACCACACCACTTGAAGTACTTAGATGCATTCATGTGGGTTTGCCTGAGCCAAGTCCACCTGGGTTCTACACAGGAACAACTCAGTTTCCCATTCAGGCAGAATCTTCTTCGAGAAGTTGTGGAGATAGATCACAAAACGAAGTTACAATGTCCTTGTTACAGCCACGATAG


Promoter Sequence:
>Vu_01352::LG1:16187309-16189309(-)
TTCAGTTTAAAATTAGTATAGTTAGTAGTTCAGTTTAGTTTATATTGTAGTTTAGTACAATTTAGTATAGTTCAGTTCAGTCTAGTTTGATAAAACAAAAAATAGTTCAGTTCAGTTTGTCTGAACTGTTTTACAGCTCAGTTCAGTTTATACAAATTAGTTTTTAGTTCAGTACAGATTTTAGTAGTACAGTATAGTTCAATTCTATTTGCCCACCCCTAATAATAATCATAATGATAAATCACTAATTAACAACGAATCACAGTTTGCTTACACGTAAATATTTATGCACCTACTTTAAAAAAAATTATAAAAATGAGCTAGTCATATGTTAAGCTGGTATGACTTTCTTACGAAGAAATTTTGTCAAAGTAATATACTTTTATTTAAAAATATTTTAAAGAAGTCATCGATACAATTTTAGTTTAAAATGTAGAGAACTTCACAATAAAATTATACAACCTTAACTATACCCTTGTTCACTTTTGTATTTTTTTAAAACTATCTATTTTGATAATTTTGAAAAAAATATTGTGATGCTTTTGCCCAAAAATGTCCCATTATAATTTAGTTAATAGTACTATGACATACTTTTACATTCTTGACACATAATATAAGATAAAATGATCATAAAAGTGTAAATTTTTGTATTTTTTAAAAAGAATAAAAAATAAATAATGAAAATGTCAAATAAATGTATAAAATTTAGGTGTATCAAAGAATATATTTTTATAATTTAATATGACTACATACATACCATGTCATCATTTAGACATAAGAGTTTTCCTTTCAAAGAAAAGTAAGGGTGCCATTGTCAATCAAAGCAACCCATTTAGACAACATTTTCAACTGAAATATAGCTATTCTAAGTTGCATATCAAGCCATAAGATAACTGGTCAGAAAAATTAATCAATTTAAATTTTTTCAAATCTTAAAACCAACCCTTTTCTATGTAAATGAAGGCTAATAATTATAAAATGTGTTAATGATGAGATTTTCCATCGCATCTATGTCAATGTTTTCATGTTAAAAGATATTATCTAAGTTTATTCTTAGGAAAATTGGGTTATCATATTTTAAGCTACATCTATTGAATATCTCAGAAATAAGTGATTACTTTTAATTAAAATTTTGAGAAATGGAATTTATGAATTTTTTTCTTAGGTATTGTTTTTATTAAAGTGAACTTTGCGACAGATTGTGAAATTCTAACAAAAAGTCTACCAGTAAACATCTAGAACTAAGAATGAGACTCATTATGAAATGAAAATTATAGAAAATATTAATTATATTTATAAAATTAGTATGAGTTCTCAATTATGCTCTTATTAAAATAATATCTACTAAAATAATAATAATAATAATATAAATATTATGATAAATAATGACTAATATATTAAATCATCGATATAATAAATATTAAATGATAAATAACAATTAATATATTAAATTATTAAAATTTAGTTATATCATATAAATGTGATTCAAATAAACTTAGGTTGAACTGAAGGAGTATTAATGACTTTATTGGACTTAATATTCCTATAGTGAACAAATACAAATATTAGTTTTTACTAAATATAATAATTAAATTAAAACTTAATTATTGTCAACCACAGCATGTTTACATCTAATTTCATTTGATTTCTAGCGTCACAGAGTAAAACAATTTTTCTTTCACATGCAGTGGTGTGTAAAAAATTCAATATTAGACAATTTTTTAATTTGTTATAGTGATGTTGGTCTAAAAATGCAGCCTGAATGTTATCCTGAAGACTTTTCAAGACATCAGGCACGTCTTAGAGACTTGGACAACCATTTTCTTCCAGTGTTTTTAATTATATGAACTATGGAGGTTTGTAACCATGGAAAACCACCATAAACACCAAAGTTAACAATGGTACGCGTTTTCTTTTTCTGCATCATCTCCAGGTTCTTATTATCTATACAAGGCACCCTTACTCTTACTCCAAATGAATCAATCCAAGGCAATACGACC


Gene Sequence:
>Vu_01352(-)
ATGGTTTCTTCTGCTGGAACTTTTGAAGCTGGATTCTTTCAGTTTGAAAATTCACAAGATCAATACTTTTGTATATGGTACAAGAACATATCACCAAAGACTACTGTGTGGGTGGCCAACAGAGATGCCCCAGTGAAAAACTCAACAGCCTTTTTCACATTAACAGAACAAGGAGTTCCTGTTATTCTTGATGCCTCAGGGAGTGTTGTGTGGTCCTCCAATTCATCAAGAACTGCTAAGAAACCAGTCATGCAGCTTCTAGACTCGGGAAATCTTGTTGTGCAAGATGGAGACAGCACAAAAGACCTTTTGTGGGAAAGTTTTGATTACCCTGGTGACACTTTCCTTGCAGGAATGAAACTTCGTACAAACTTTGTGACTGGTCCTTTTAGGTTTCTCACATCTTGGAGAAACACAGAAGATCCTGGCTTTGGTGAGTTTTCGTATCACATAGATGCTCATGGCTATCCTCAACTGGTTACTACAAGCGGAGAACTTTTGATCAGTAGAGGAGGGTCATGGACCGGCTATGCTTTCACTGGAGTTTCATGGAGAAGAATGCTCAGACTCGTAAATTTTTCGCTTGAGATTAACGACAAGGAAATCATTTACCAATACAGGACCTTAGAGGCTGAAACTATTACTAGGTTAGTGATCACCCCATCTGGTTATGTACAACGTTTGTTATGGTCGGGTGGCAGCCGGAGTTGGGAGATTTTATCCACTCGTCCCATGGATCAATGTGAATATTATTCCTTTTGTGATGTGAATTCACTTTGTAATGTTACTAACTCTCCAAAAATATGTACATGTTTAGATGGTTTTGTACCAAAGTTCTATGAAAAGTGGAGTTCACAGGATTGGTCTGGTGGGTGTGTCAGAAGAGTAAATTTGAGTTGTCATGGTGATAGGTTTAGGAAGTACACCGGAATGAAGTTGCCAGACACTTCTTCTTCTTGGTATAACGACAGTTTGAGCCTCGAGAAGTGTGAGGATTTGTGTTTGAAAAACTGTTCTTGCACAGCATACGCAAATATAGATCCCAGTGGGGGAGGGTGCTTGCTTTGGTTTGGTGACATTACTGACTTGAGTACACACACAGACCAAGGACAAGATATTTACATGAGACTTGAAGCTTCAGAGTTAGGTATTTTCATTTCTTATATTATCATCTTTTGAGTTTCGGTCAAAATATTGCAGAAAGAAATTTATGTTCCTAATTGAAGTGAAATTCAAACATGTTCCTGTTTTTGCTTTCCTTTTCTGTTTCTCTTAAACTGCAATCTTCATGCAGTTTATTCCTCAGATCATGGAGGGAGTAATCAGAGCCTCAATAGCAAGAATATTGCAGGGATAATAGTAAGCATTGTATTCTTGGTCGTGGTACTTGGATTGGCTACATTCACATATATGAAGAGGAAGAAGCTCTCGAAGAGAGGTGAGTTTATGGAAAAGTAAAATTTGACTCTTTATGATACAATCAAATATCAGAATTCAATATAATTATTAGAATGAGGAGAAGTGTTCAATTCTAAAGTCTGATTCATGTTCTTATTATCCTTTATTTTGTTTGCTAAATTAAGCTGTGAACCATGCCATATTGGTATTTCCTACCATTGTTTTCAGAGGTGCTAAAAATATTGTTTTGGAAGTACAAAAGGGAGAGGGAAGATTTGGAGTTATCAACAATATTTGATTTTTCAACCATCTCTGCTGCTACAAATAAACTTTTCACCCAGTAACATATTAGGAGAAGGTGGCTTCGGGCCAGTGTACAAGGTAGTTAAATTTCACATCAAACAAGCCTTGTTATGGCATAAATAATTTCTCTTCACCAAAGTTTCAAAATTACTCTCAGGGTATACTGCAAGATGGGCAAGAGATTGCAGTGAAGAGGCTTGCAAAAACTTCTGAACAAGGAGCAGAGCAATTCAAGAATGAAGTCATGTTAATGGCAAAACTTCAACATCGCAATCTTGTAAAACTTCATGGTTGCTCTATTCACCAAGAAGAAAGGCTTTTGATCTATGAATACATGCCCAACAGAAGCTTGGATTACTTCATTTTTGGTTTGAAATCTCACACCATGAAAATTATGGCTCTTCATTTTGCTCTCTCTTGCTATTGTGTAGTTCTTACACTGATTTAAAAAGTGAAATTTTGTTAGATTCAACGCAAAGTAAACAAGTGGATTTGACAAAGCGCCTTCAAATTATTGATGGTATAGCACGAGGGCTACTCTATCTTCACCAAGACTCTAGATTGAGAATCATCCACAGAGATCTCAAAGCCAGCAATGTTCTTCTAGACAACGACATGAATCCAAAGATATCAGATTTTGGTTTGGCTAGAACATTTGGTGGAGATCAAGCTGAGGCAAATACAAATAGAGTGATGGGAACATAGTAAGTAGTAAAAGTCATGTATTTTTACTATGTTACAACCCAGTTTGACATCAAAATTTTTCATGCTTGTGTTACAGTGGTTATATGCCTGAATATGCTCTCCATGGACATTTCTCAATCAAATCTGATGTATTTAGCTTTGGTGTGATGGTAATGGAGATAATTAGTGGGAAAAAGAATCGCAATTTTCATGACTCTGAGCATCAGCTTAATCTTCTTAGTCATGTAAGCTTAAAGGCTATTTATTTCCTTGTTTCAATCATCCAAAACTATCTGTTGTGTCCTAATAAATAAGATAGATGCTGTAATCTGAATAGGTAGCAATAGATAGGTATGAAATTTGGAATAAATATACAAGAAAAAAGTCAAACTATTGAAAGTAAACTCACGCAAACTGTTTTCAATACTCTTGATCTTATGCTCGCAATTAAAACATGAAAAAATTGAATAGGCATTGACTTTGACTTGTTGGTTTTCATTCCATTTCAGGCATGGAGATTGTGGATTGAAGAAAAGCCAGTGGAGCTAATAGATGAGGTATTAGATTATCCAACCACACCACTTGAAGTACTTAGATGCATTCATGTGGGTCTATTATGTGTGCAACAAACACCACAAAACAGACCAAACATGTCCTCTGTGGTTTTGATGTTGAATGGTGAAAAGGTTTGCCTGAGCCAAGTCCACCTGGGTTCTACACAGGAACAACTCAGTTTCCCATTCAGGCAGAATCTTCTTCGAGAAGTTGTGGAGATAGATCACAAAACGAAGTTACAATGTCCTTGTTACAGCCACGATAG

NIPGR © 2020

This project is funded by the Department of Biotechnology
Ministry of Science and Technology
Government of India

Visits: 1570918