Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_01340	LG1	16059715	16068476	PREDICTED: uncharacterized protein LOC108337036	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	protein phosphorylation, recognition of pollen, protein phosphorylation, recognition of pollen, recognition of pollen, protein phosphorylation, recognition of pollen
Cellular Component	is active in	plasma membrane
Cellular Component	located in	extracellular region
Molecular Function	enables	protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, calmodulin binding, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity, protein serine/threonine kinase activity

SNP	Position	Effect	Amino acid change
C/T	16059790	synonymous_variant	p.Gln441Gln
G/C	16059999	missense_variant	p.Leu415Val
T/A	16060161	upstream_gene_variant
A/T	16060904	upstream_gene_variant
A/G	16063639	upstream_gene_variant
G/A	16063805	upstream_gene_variant
G/C	16063927	upstream_gene_variant
G/C	16063946	upstream_gene_variant
C/T	16064572	intron_variant
G/A	16064625	intron_variant
G/A	16064662	intron_variant
A/G	16064827	intron_variant
T/C	16065073	intron_variant
A/G	16065083	intron_variant
T/G	16065180	intron_variant
T/C	16065189	intron_variant
G/C	16065813	intron_variant
T/G	16065817	intron_variant
A/G	16065844	intron_variant
A/G	16065918	missense_variant	p.Leu385Ser
A/T	16065996	missense_variant	p.Leu359His
G/C	16066845	intron_variant
A/G	16066847	intron_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_01340.1

MVSSAGTFEAGFFQFENSQDQYFCIWYKNISPKTTVWVANRDAPVKNSTAFFTLTEQGVPVILDASGSVVWSSNSSRTAKKPVMQLLDSGNLVVQDGDSTKDLLWESFDYPGDTFLAGMKLRTNFVTGPFRFLTSWRNTEDPGFGEFSYHIDAHGYPQLVTTSGELLISRGGSWTGYAFTGVSWRRMLRLVNFSLEINDKEIIYQYRTLEAETITRFRKYTGMKLPDTSSSWYNDSLSLEKCEDLCLKNCSCTAYANIDPSGGGCLLWFGDITDLSTHTDQGQDIYMRLEASELVYSSDHGGSNQSLNSKNIAGIIVSIVFLVVVLGLATFTYMKRKKLSKRDQAEANTNRVMGTYGYMPPEYALHGHFSIKSDVFSFGVMVMEIISGKKNRNFHDSEHQLNLLSHAWRLWTEDKPLELIDEVLPEPSPPGFYTGTTTQFPIQAESSSRSCGDRTQNEVTVSLLQPR*

CDS Sequence:
>Vu_01340.1

Promoter Sequence:
>Vu_01340::LG1:16068476-16070476(-)

CAATTCAGTTTAAAATTAGCATAATTCAGTTTAAAATTAGTATAGTTAGTAGTTCAGTTTAGTTTATATTGTAGTTTAGTACAATTTAGTATAGTTTAGTTCAGTCTAGTTTGATAAAACAAAAAACAGTTCAGTAGCTCAGTTCAGTTTATACAAATTAGTTTTTAGTTCAGTACAGATTTTTGTACAGTTCAGTTCTATTTGCCCACCCCTAATAATAATCATAATGATAAATCACTAATTAACAACGAATCACAGTTTGCTTACACGTAAATATTTATGCACCTACTTTAAAAAAAATTATAAAAATGAGCTAGTCATATGTTAAGCTGGTATGACTTTCTTACGAAGAAATTTTGTCAAAGTAATATACTTTTATTTAAAAATATTTTAAAGAAGTCATCGATACAATTTTAGTTTAAAATGTAGAGAACTTCACAATAAAATTATACAACCTTAACTATACCCTTGTTCACTTTTGTATTTTTTTAAAACTATCTATTTTGATAATTTTGAAAAAAATATTGTGATGCTTTTGCCCAAAAATGTCCCATTATAATTTAGTTTAATAGTACTATGACATACTTTTACATTCTTGACACATAATATAAAGATAAAATGATCATAAAAGTGTAAATTTTTGTATTTTTTTAAAAAAGAATAAAAAATAAATAATGAAAATGTCAAATAAATGTATAAAATTTAGGTGTATCAAAGAATATATTTTTATAATTTAATATGACTACATACATACCATGTCATCATTTAGACATAAGAGTTTTCCTTTCAAAGAAAAGTAAGGGTGCCATTGTCAATCAAAGCAACCCATTTAGACAACATTTTCAACTGAAATATAGCTATTCTAAGTTGCATATCAAGCCATAAGATAACTGGTCAGAAAAATTAATCAATTTAAAATTTTTTCAAATCTTAAAACCAACCCTTTTCTATGTAAATGAAGGCTAATAATTATAAAATGTGTTAATGATGAGATTTTCCATCGCATCTATGTCAATGTTTTCATGTTAAAAGATATTATCTAAGTTTATTCTTAGGAAAATTGGGTTATCATATTTTAAGCTACATCTATTGAATATCTCAGAAATAAGTGATTACTTTTAATTAAAATTTTGAGAAATGGAATTTATGAATTTTTTTCTTAGGTATTGTTTTTATTAAAGTGAACTTTGCGACAGATTGTGAAATTCTAACAAAAAGTCTACCAGTAAACATCTAGAACTAAGAATGAGACTCATTATGAAATGAAAATTATAGAAAATATTAATTATATTTATAAAATTAGTATGAGTTCTCAACTTATGCTCTTATTAAAATAATATCTACTAAAATAATAATAATAATAATATAAATATTATGATAAATAATGACTAATATATTAAATCATCGATATAATAAATATTAAATGATAAATAACAATTAATATATTAAATTATTAAAATTTAGTTATATCATATAAATGTGATTCAAATAAACTTAGGTTGAACTGAAGGAGTATTAATGACTTTATTGGACTTAATATTCCTATAGTGAACAAATACAAATATTAGTTTTTACTAAATATAATAATTAAATTAAAACTTAATTATTGTCAACCACAGCATGTTTACATCTAATTTCATTTGATTTCTAGCGTCACAGAGTAAAACAATTTTTCTTTCACATGCAGTGGTGTGTAAAAAATTCAATATTAGACAATTTTTTAATTTGTTATAGTGATGTTGGTCTAAAAATGCAGCCTGAATGTTATCCTGAAGACTTTTCAAGACATCAGGCACGTCTTAGAGACTTGGACAACCATTTTCTTCCAGTGTTTTTAATTATATGAACTATGGAGGTTTGTAACCATGGAAAACCACCATAAACACCAATAGTTAACAATGGTACGCGTTTTCTTTTTCTGCATCATCTCCAGGTTCTTATTATCTATACAAGGCACCCTTACTCTTACTCCAAATGAATCAATCCAAGGCAATACGACC

Gene Sequence:

>Vu_01340(-)

ATGGTTTCTTCTGCTGGAACTTTTGAAGCTGGATTCTTTCAGTTTGAAAATTCACAAGATCAATACTTTTGTATATGGTACAAGAACATATCACCAAAGACTACTGTGTGGGTGGCCAACAGAGATGCCCCAGTGAAAAACTCAACAGCCTTTTTCACATTAACAGAACAAGGAGTTCCTGTTATTCTTGATGCCTCAGGGAGTGTTGTGTGGTCCTCCAATTCATCAAGAACTGCTAAGAAACCAGTCATGCAGCTTCTAGACTCGGGAAATCTTGTTGTGCAAGATGGAGACAGCACAAAAGACCTTTTGTGGGAAAGTTTTGATTACCCTGGTGACACTTTCCTTGCAGGAATGAAACTTCGTACAAACTTTGTGACTGGTCCTTTTAGGTTTCTCACATCTTGGAGAAACACAGAAGATCCTGGCTTTGGTGAGTTTTCGTATCACATAGATGCTCATGGCTATCCTCAACTGGTTACTACAAGCGGAGAACTTTTGATCAGTAGAGGAGGGTCATGGACCGGCTATGCTTTCACTGGAGTTTCATGGAGAAGAATGCTCAGACTCGTAAATTTTTCGCTTGAGATTAACGACAAGGAAATCATTTACCAATACAGGACCTTAGAGGCTGAAACTATTACTAGGTTAGTGATCACCCCATCTGGTTATGTACAACGTTTGTTATGGTCGGGTGGCAGCCGGAGTTGGGAGATTTTATCCACTCGTCCCATGGATCAATGTGAATATTATTCCTTTTGTGATGTGAATTCACTTTGTAATGTTACTAACTCTCCAAAAATATGTACATGTTTAGATGGTTTTGTACCAAAGTTCTATGAAAAGTGGAGTTCACAGGATTGGTCTGGTGGGTGTGTCAGAAGAGTAAATTTGAGTTGTCATGGTGATAGGTTTAGGAAGTACACCGGAATGAAGTTGCCAGACACTTCTTCTTCTTGGTATAACGACAGTTTGAGCCTCGAGAAGTGTGAGGATTTGTGTTTGAAAAACTGTTCTTGCACAGCATACGCAAATATAGATCCCAGTGGGGGAGGGTGCTTGCTTTGGTTTGGTGACATTACTGACTTGAGTACACACACAGACCAAGGACAAGATATTTACATGAGACTTGAAGCTTCAGAGTTAGGTATTTTCATTTCTTATATTATCATCTTTTGAGTTTCGGTCAAAATATTGCAGAAAGAAATTTATGTTCCTAATTGAAGTGAAATTCAAACATGTTCCTGTTTTTGCTTTCCTTTTCTGTTTCTCTTAAACTGCAATCTTCATGCAGTTTATTCCTCAGATCATGGAGGGAGTAATCAGAGCCTCAATAGCAAGAATATTGCAGGGATAATAGTAAGCATTGTATTCTTGGTCGTGGTACTTGGATTGGCTACATTCACATATATGAAGAGGAAGAAGCTCTCGAAGAGAGGTGAGTTTATGGAAAAGTAAAATTTGACTCTTTATGATACAATCAAATATCAGAATTCAATATAATTATTAGAATGAGGAGAAGTGTTCAATTCTAAAGTCTGATTCATGTTCTTATTATCCTTTATTTTGTTTGCTAAATTAAGCTGTGAACCATGCCATATTGGTATTTCCTACCATTGTTTTCAGAGGTGCTAAAAATATTGTTTTGGAAGTACAAAAGGGAGAGGGAAGATTTGGAGTTATCAACAATATTTGATTTGGAGTTACCAACACTTTTCACCCAGTAACATATTAGGAGAAGGTGGCTTCGGGCCAGTGTACAAGGTGGTTAAATTTCACATCAAACAAGCCTTGTTATGGCATAAATAATTTCTCTTCACCAAAGTTTCAAAATTACTCTCAGGGTATACTGCAAGATGGGCAAGAGATTGCAGTGAAGAGGCTTGCAAAAACTTCTGAACAAGGAGCAGAGCAATTCAAGAATGAAGTCATGTTAATGGCAAAACTTCAACATCGCAATCTTGTAAAACTTCATGGTTGCTCTATTCACCAAGAAGAAAGGCTTTTGATCTATGAATACATGCCCAACAGAAGCTTGGATTACTTCATTTTTGGTTTGAAATCTCACACCATGAAAATTATGGCTCTTCATTTTGCTCTCTCTTGCTATTGTGTAGTTCTTACACTGATTTAAAAAGTGAAATTTTGTTAGATTCAACGCAAAGTAAACAAGTGGATTTGACAAAGCGCCTTCAAATTATTGATGGTATAGCACGAGGGCTACTCTATCTTCACCAAGACTCTAGATTGAGAATCATCCACAGAGATCTCAAAGCCAGCAATGTTCTTCTAGACAACGACATGAATCCAAAGATATCAGATTTTGGTTTGGCTAGAACATTTGGTGGAGATCAAGCTGAGGCAAATACAAATAGAGTGATGGGAACATAGTAAGTAGTAAAAGTCATGTATTTTTACTATGTTACAACCCAGTTTGACATCAAAATTCTTTCATGCTTGTGTTACAGTGGTTATATGCCTCCTGAATATGCTCTCCATGGACATTTCTCAATCAAATCTGATGTATTTAGCTTTGGTGTGATGGTAATGGAGATAATTAGTGGGAAAAAGAATCGCAATTTTCATGACTCTGAGCATCAGCTTAATCTTCTTAGTCATGTAAGCTTAAAGGTTATTTATTTCCTTGTTTCAATCATCCAAAACTATCTGTTGTGTGCTAATAAATAAGATAGATGCTGTAATCTGAATAGGTAGCAATAGACAGGTATGAAATTTAGAATATAAATATACAAGAAAAAAGTTAAACTATTGAAAGTAAACTCACGCAAACTGTTTTCAATACTCTTGATCTTGTGCTCGCAATGAAAACCTGAAAAAATTGAATAGGCATTGACTTTGACTTGTTGGTTTTCATTCCATTTCAGGCATGGAGATTGTGGATTGAAGAAAAGCCAGTGGAGCTAATAGATGAGGTATTAGATTATCCAACCACACCACTTGAAGTACTTAGATGCATTCATGTGGGTCTATTATGTGTGCAACAAACACCACAAAACAGACCAAACATGTCCTCTGTGGTTTTGATGTTGAATGGTGAAAAGGTATTGCCTGAGCCAAGTCCACCTGGGTTCTACACAGGAACAACTCAGTTTCCCATTCAGGCAGAATCTTCTTCGAGAAGTTGTGGAGATAGATCACAAAACGAAGTTACAATGTCCTTGTTACAGCCACGATAGAGAACTTTTTCTGTTCATTATTCAAGGATTAAGATATCTCCAACAACTTATTAGCACAAGTGCTTGTGTGTAAGTTTGTTCATTTATTGAAAAGATGTTATTTTTGTTGGGTACAAACAAAGTTCCACATCACATAAAATATGAAATACACATGGATTTATATACATATAAGATACATTCCTTAGTAAGAGACTTTTTAGAACGGTACCAAAAGCAAATCTGTGAGTAAATCACTTGTAGTTAGGGACATTCTACTTTATTTTTTAATGGCAAATATATGAAATGATACATGTAACAATTTATACAATGGTTTTTTTTGCCCATGTTTATTATTATGGGATGTAATAAATAATCTACAGAGGAAAGATTGACAGCATTAACTGTAATTTTCAGTTTGTTGTACAAATAGTGTTGTTTTTAAAATTTTAAAATATTTAACATATTGTTCTAAGTATTAAATTAATTATTTTATTCAAAGAGTTTGGCTATAGAAATAATATACGTATTTATTGATTGAATGGAACAAGGTTTTACAAAGGAATGAAAAAGGCTTGCTTAACAAAAAGAGATTCAAAGCTATAAATAGTTGAAATAAAGAGAGCACACGTGCATTCAAACTTATGCAGTCACGTATGAATGTATATTCTAAGACCGCCCTCAAGCGGTCCGTAAATATTTTGACTGCCAAGCTTGGTATTGAGCTTAGAGAACAGCCCTGCCAAGCCGTCAGTAATCAGGAGTGTATTTTCGTTGTGATATCTTACGTTTCTGTGAGTTTCAGCAGTATTAACGTGATGATCTTGGAGATATAGAGGCAGATTTCTAATTCTAAAAGATTTCCTTTTAGCATTATCACTGAGTACATCATTATCATTAGCAGAAGCATTGGCATCATCAATATAAGATTCATTAGGTGCATTAACAACAGTAGTACAAGACAGCATGTAATAAGGCATATGACCAAAACTGGTTTGAGAGTTTGGATTGAAAAATCAAAGATCTAGTAACATTCAAAACGTGCTGATGTTTCCTTTCTGCTATTCCATTCTGCTCTAGAGTTTCAACACATGTAGTGTGATGAATTAGGCCCTTAGAATTAAAGAAACTAACCATGTTAAACTCATATCCATTATCGCTCCTAATCACCTTTATTTTGTCTTCAAATTGAGTTTCAACATACGAAACAAAAATGTATAATGTGATCTCTAGTTTTAGACTTATTTGTAATGAGATAAACCCATGTAAACCTGTTACAATCATCTGCAATAGTCAAAAAATACCTATGACCATGCAAAGAGGGAGAAGGGGATGTTCCCCAAATATCAATATGTATCAGATCAAAAGTTTTATTACCATGAGAATCACTGTTCGAGAAAGGTAGCTTCTTTTGCTTAAAGCAATACAATCATGTTTATGTTTTAAAACTCCTAATCTTTTATCAGAAGGATGGCCAAGCCTTTTGTGCCACAAGTTCCGAATGCTGTTAGCAGTATGATCAGGTGCAGAAAACATGCAAAGGATTTATGAATTTTTCTTTTGTAAAATACAAACATTAATTTTTACAAAATATGAGAATTAACTTGAATTATTTTCAACCGCAACATGTTTACATCTAATTTCATTTAATTTCTAGTGTTTCATCTTTGAATGGAATATGAAAGTCAACTCTATTAGTTGGACATCAAATGAACCTGTTCAGTAGTTGTTAAAAATATCATAAAGCAGAGGGTCCTATTGTTAACTGCATTGTTTGGTCCCCCTTTTCATTCATGTCTCAACTTGCACTGAGACTTTCTTATCCGA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