Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_01019 LG1 13262346 13264381 PREDICTED: transcription factor IIIA
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of gene expression
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus, nucleus, nucleus, nucleolus, cytosol, nucleus
Molecular Function   enables   5S rDNA binding, DNA-binding transcription factor activity, 5S rRNA binding, RNA binding
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 13262574 upstream_gene_variant
A/C 13262575 upstream_gene_variant
C/A 13262586 upstream_gene_variant
A/G 13262630 missense_variant p.Lys51Glu
G/C 13262639 missense_variant p.Asp54His
T/A 13262710 stop_gained p.Tyr77*

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_01019.1
MVEAVTIEERPKSRDIRRYFCQYCGICRSKKTLITSHINSQHKEEDEKARKETDPETESSKSNTCEECGVTFKKHAYLLQHMQSHSPERPFVCTVDDCHASYRRKDHLTRHLLLHEGKTFKCPVENCNIEFSLQGNMKRHVEEIHDGGSTAAADRSHKQHVCPEIGCGKVFRFASKLKKHEDSHVKLESIEVKSNLDKHKKAVHLEEKPFRCGFPDCGMRFAYKHVRDNHEKTAKHVFTLGDFEEADAEFRSRPRGGRKRECPTIEMLIRKRVTPPSRLEDWLFMQDRE*


CDS Sequence:
>Vu_01019.1
ATGGTTGAAGCCGTAACAATTGAAGAAAGGCCAAAGTCCAGAGATATTAGACGTTATTTCTGCCAGTACTGCGGTATCTGCAGATCCAAGAAAACCCTAATTACCTCTCACATCAATTCGCAACACAAGGAAGAGGATGAGAAGGCTAGAAAAGAAACAGATCCTGAAACGGAGTCTTCAAAATCCAACACCTGCGAGGAATGTGGTGTCACTTTCAAGAAACACGCATATTTGTTGCAGCACATGCAAAGTCACTCGCCTGAGAGGCCGTTTGTGTGTACTGTTGATGATTGTCATGCGAGTTACCGAAGGAAGGACCACCTGACTAGGCACCTTCTACTACATGAGGGGAAGACATTCAAGTGCCCTGTTGAGAACTGCAACATTGAGTTCTCTTTGCAAGGCAATATGAAAAGACACGTTGAGGAGATTCACGATGGCGGTTCCACTGCCGCCGCTGACAGAAGTCACAAACAACATGTGTGTCCAGAGATTGGGTGTGGAAAGGTTTTCAGATTTGCTTCAAAGCTAAAAAAGCATGAAGATTCTCATGTTAAGCTGGAATCAATAGAGGTGAAATCTAATCTTGATAAGCATAAGAAGGCTGTGCACCTTGAAGAAAAACCTTTTCGGTGCGGGTTTCCTGATTGTGGCATGAGATTTGCTTACAAACATGTGCGGGATAATCACGAAAAAACTGCTAAACATGTTTTTACCCTCGGTGATTTTGAAGAAGCTGATGCAGAGTTCAGGTCAAGGCCGAGGGGAGGGAGGAAGAGAGAATGTCCTACTATTGAAATGTTAATCAGGAAGAGGGTTACCCCACCCAGTAGATTGGAGGATTGGTTATTTATGCAGGACAGAGAGTAG


Promoter Sequence:
>Vu_01019::LG1:13260346-13262346(+)
GTACAATTTGGTCCTCATTCTTTAGAAAAACGTTCGTTTTAGTCCTCAAAATTTTGTTTTTAGTCCTCGTTTTAGTCCTCAAAACGTTCGTTTTTTCGACTAAAACGAACGTTTTTTAAAGATTGAGGACTAAATTGTACCTTACTTTGGAAGAGGGACGAAAACCAGAAACGGTCAATAGTTTAGGGACTAAAAACATATTTAACCCTACATTTAAAAATAGAAATACACACATATATATATATATATATAAATATATATATATAATAATTATTTTGTATAATTTATTTAATAACTAATACATATTAATACTAAATTGATTAGTAAAATTTATAATTTAGCACTAAATTAATTTCTATAAATTATAAGTTTATGATAAAATAATCCTCCAAATTTAATAATAAAAATGTAGTTATGTAATTTTTATTTATTTCTGCACTAAATTTCCTTTTCAAAAAGATTAAACAATGACTCTTTTACTCGTTTATGCCAAGTGTTTTAATTATTTGATGTTACGAGGGTCAGATCCAGCATAAGTAATATTTATTCACTATCTGTTCCGTATTGCGAAAATATATTTCTTACATGTTTGTTATCGGTAAAAAGAATTAATGGATTTTATATATGTATAAATACTCGTAAAATACTTGCTGATATTTTTTTTTAAAATATAAATTCAAATAAAAAATTAATTTTTAAACTACAATTTAAATTAAACTATTAAAAAATATTAATATAAATAAAAATTGTATTGCAATAAAATAAATTTAAATCCCTTATATCAAAATACAAATTTTAAAAAATCAATCTCTGTGTAATATAATTTCAATTTACTAAGTCTAAATAAAAAAGTATAAAGATATGAAATTAAATTTTAAATAATTATATTAATAATTTTATTTTGAATATGTGAATGTTAAAAAAATACTTAAATAAAATTAACTAATATTATTGTTGGATAATGAATATCAACCGATCATTATCATAATATTTTATTATCTACATATATTTATTGAAAATATTTATTTAATTTTATCTGTAAATATTTGTTAATAATATCTATTTAATATTGATTACAAATTCATTTAATATCTATCATAATCACCAAATAAATAATACGAAAATTGCTTTTAGTCTTCAAATTAAATTGCTTTTAGTTTCTAAAATTTAGAACAAATATTTGTTATAATACGAAAATTAACCACTTCAAATCTTTAATTATAGTACTTTTAATTCTTTTAATTTGAATGAAATGTTCTTTTTAGTTTAGAAATTTAATATATTTTAATTTTTTCTCTCTCATTTAGCTCCTTTACATAACAAAAATGAAGGATAGAAAACATAACACTTATGCTAACCTTCGTATTTTTACATGATTAAGTTTAAATAATAAAAAATATATTTCTAATAATTTTAAAGATATAATTTATCACTTTTAAATTTCAAATAACATATTCATGATTTTATATTTGGAGACTAAAACAATATTTTTAAATTTGAAGAATTAAAAAATTACTTTCAAATTTAAAAGACTTTAAATATTAATTTAAAATTAAAAATTAAAAAATCGATCCAAATTTTAAGGGTTAAAAAATGGTTTAGATAAAATTTTCATAATAAATATTTACATCATTATACTTCTGACACGTGTCATTACTGAACTAGATACCTCTAGTCATACTGGTAACGAGTCGGAAGGCGTAAAGCTAAAAAAAGAAATATTGTTAGAAATTTAGTTATCATGAAAAAAATAACTAAAAGAAAAAATAACCAAAATTGATGGATAAAATATTTAATTTTATTATAATTTTAATTAAACCACCCAAACGACATCGTGTAGTCTTCTATATATATATATATTCCTAGTTGCCGTAAAACCTAGAAGCTCACACACTCTTCATTCGCAGCTTCACAAAATCGCCGCACATAACACCATCCTCATATTTACATTGAATTTCTGCACTCTTCGATTTGTTCTCTGTATCTCATCACCAAAACAA


Gene Sequence:
>Vu_01019(+)
ATGGTTGAAGCCGTAACAATTGAAGAAAGGCCAAAGTCCAGAGATATTAGACGTTATTTCTGCCAGTACTGCGGTATCTGCAGATCCAAGAAAACCCTAATTACCTCTCACATCAATTCGCAACACAAGGTAGTTTTATTTTCTGTATTTTTGTTTGTTCTTTTGAAAAATTAAACCCTTCACAATCATCCTTATTTAAATTATTACGATTTGGTGGATGTATACGGTCATGTAAGACTTCGTTAATTTTGGTGTCTTTTTAGGAAGAGGATGAGAAGGCTAGAAAAGAAACAGATCCTGAAACGGAGTCTTCAAAATCCAACACCTGCGAGGAATGTGGTGTCACTTTCAAGAAACACGCATATTTGTTGCAGCACATGCAAAGTCACTCGCCTGAGGTATCCTTTACATTCTTAAATATAAGACAATTTATAGATGGAAAATTCTGAAAGCACATGACAAACATATACTTTTTTTATCAGCAAAGAATAATAGTGCTCTAACAGAAACATATTCTTGTGTAATGTTTTATTTACTGTTGTGTTATTTGAAACATATTTTGTTTGTGGGAGAAGTAGCTCTTGTTGTGACTTAATAGTATTGTTGCATTAGGCTGAAGATACAAATTTTGCAGGAATATAATCTATAAGATTCTAAAATCATTGGAAAATTATGGATTAATAGTGTGAAGCATTGGATCCCAGACAACGAACTCCAAAATGCACGAGGCAACGAGTTTAGACTTGATGGATCAGTATCAGGTAGGGAGACCTCCTGTGAAGCTCCATCAAGGATGCCTCAGTCACGCTCTTTGAATTTGAGGTTGGCAGTCTGTTCATTTGTTTCTTGTTCTTCTCGGGGTATGATGATGTTTATGTTTGGGTTTTTTGTCGTTAACCAATTTTGTGATGTTTCCAGAGGCCGTTTGTGTGTACTGTTGATGATTGTCATGCGAGTTACCGAAGGAAGGACCACCTGACTAGGCACCTTCTACTACATGAGGGGAAGACATTCAAGTGCCCTGTTGAGAACTGCAACATTGAGTTCTCTTTGCAAGGCAATATGAAAAGACACGTTGAGGAGATTCACGATGGCGGTTCCACTGCCGCCGCTGACAGAAGTCACAAACAACATGTGTGTCCAGAGATTGGGTGTGGAAAGGTTTTCAGATTTGCTTCAAAGCTAAAAAAGCATGAAGATTCTCATGGTAGGCTCTCTTTTTTGGTTTTATGTACGAATTAGTGAAATGTCCTGTTGGTTACAATTTTGAAGAAAGCCTTTATCATGCAGTTAAGCTGGAATCAATAGAGGTGGTGTGCTTAGAACCCCGGTTGCATGAAGCATTTTGCTAATGACCAGGGCCTTAGAGCTCATGTAAATACCTCCCATCAATATATGACCTGTGACATTTGTGGGTCTAAGCAACTGAAGAAGAATATTAAGCGTCACCTTCGTTCACATGAAGCTGACAGCAGTTCCTCGAAGACCTTTCAATGCGAGTTTAAGGGTTGTAGCTGCACATTCTCTAATAATGTTAAATCTAGTGGTTGTGCATAATATTATTGAATTCTCAATTTGGTTTCGAGTGAACTTTATATTAATCTGTTCTTCATTGTGTCAACAGAAATCTAATCTTGATAAGCATAAGAAGGCTGTGCACCTTGAAGAAAAACCTTTTCGGTGCGGGTTTCCTGATTGTGGCATGAGATTTGCTTACAAACATGTGCGGGATAATCACGAAAAAACTGCTAAACATGTTTTTACCCTCGTAAGTTCTACTTTTTTGCTTTGGTATCCGGTTGTGCCAAAAGTTATCTATCTGACAAGAAATGGTGTGTGAAAGTTTTGCTTTTGAATTGTCATACTCAAAGGTTTTTTTGATGCAGGGTGATTTTGAAGAAGCTGATGCAGAGTTCAGGTCAAGGCCGAGGGGAGGGAGGAAGAGAGAATGTCCTACTATTGAAATGTTAATCAGGAAGAGGGTTACCCCACCCAGTAGATTGGAGGATTGGTTATTTATGCAGGACAGAGAGTAG